SAXSdb — 9jsx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M-alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 149–182 链 B； UniProt 149–182 链 C； UniProt 149–182 链 D； UniProt 149–182 链 E； UniProt 149–182 链 F； UniProt 149–182 链 G； UniProt 149–182 链 H； UniProt 149–182	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 4.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9JSX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TVB Crystal structure of Melanoma Antigen gp100(209-217) Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2004-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 209–217（9 aa）片段：residues 209-217	未记录	GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
1TVB Crystal structure of Melanoma Antigen gp100(209-217) Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2004-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 209–217（9 aa）片段：residues 209-217	未记录	GOL GLYCEROL × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.216
1TVH Crystal structure of Modified Melanoma Antigen gp100(209-T2M) Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2004-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 209–217（9 aa）片段：residues 209-217	未记录	GOL GLYCEROL × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
1TVH Crystal structure of Modified Melanoma Antigen gp100(209-T2M) Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2004-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 209–217（9 aa）片段：residues 209-217	未记录	GOL GLYCEROL × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 3350, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
3CC5 H-2Db complex with human gp100 提交 2008-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–33（9 aa）片段：Extracellular part, UNP residues 25-33	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 6000, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.91 Å R-free 0.268
3CC5 H-2Db complex with human gp100 提交 2008-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 25–33（9 aa）片段：Extracellular part, UNP residues 25-33	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 6000, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.91 Å R-free 0.268
4IS6 Crystal structure of HLA-DR4 bound to GP100 peptide 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 44–59（16 aa）片段：UNP residues 44-59	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG8000, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
6VM7 SILv44 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100 peptide (ITDQVPFSV) 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 209–217（9 aa）片段：epitope (UNP residues 209-217)	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；16% v/v PEG3350, 280 mM ammonium citrate dibasic	分辨率 2.41 Å R-free 0.241
6VM8 SILv44 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100T2M peptide (IMDQVPFSV) 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 209–217（9 aa）片段：epitope (UNP residues 209-217)	突变：T210M	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；20% v/v PEG3350, 236 mM ammonium citrate dibasic	分辨率 2.41 Å R-free 0.221
6VM9 T4H2 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100T2M peptide (IMDQVPFSV) 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 209–217（9 aa）片段：epitope (UNP residues 209-217)	突变：T210M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% v/v PEG10000, 16% v/v glycerol, 250 mM Tris pH 8.5, 60 mM sodium chloride, seeded with crushed crystals	分辨率 2.90 Å R-free 0.250
6VMA T4H2 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100 peptide (ITDQVPFSV) 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 209–217（9 aa）片段：epitope (UNP residues 209-217)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% v/v PEG10000, 16% v/v glycerol, 100 mM Tris pH 8.5, 100 mM sodium chloride	分辨率 2.75 Å R-free 0.219
6VMC T4H2 T cell receptor bound to HLA-A2 presenting gp100T2L peptide (ILDQVPFSV) 提交 2020-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 209–217（9 aa）片段：epitope (UNP residues 209-217)	突变：T210L	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% v/v PEG10000, 16% v/v glycerol, 250 mM Tris pH 8.5, 60 mM sodium chloride	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7PHR Structure of a fully assembled T-cell receptor engaging a tumor-associated peptide-MHC I 提交 2021-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 P 280–288（9 aa）	突变：A9V	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9JST Wild-type native PMEL amyloid - polymorph 1 提交 2024-10-01	构建体不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 148–182（35 aa）链 B 148–182（35 aa）链 C 148–182（35 aa）链 D 148–182（35 aa）链 E 148–182（35 aa）链 F 148–182（35 aa）链 G 148–182（35 aa）链 H 148–182（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.79 Å
9JSU Wild-type native PMEL amyloid - polymorph 2 提交 2024-10-01	构建体不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 151–183（33 aa）链 B 151–183（33 aa）链 C 151–183（33 aa）链 D 151–183（33 aa）链 E 151–183（33 aa）链 F 151–183（33 aa）链 G 151–183（33 aa）链 H 151–183（33 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.79 Å
9JSV G175S mutant native PMEL amyloid 提交 2024-10-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 149–182（34 aa）链 B 149–182（34 aa）链 C 149–182（34 aa）链 D 149–182（34 aa）链 E 149–182（34 aa）链 F 149–182（34 aa）链 G 149–182（34 aa）链 H 149–182（34 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.79 Å
9JSW Wild-type PMEL CAF amyloid -in vitro polymerized 提交 2024-10-01	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 148–182（35 aa）链 B 148–182（35 aa）链 C 148–182（35 aa）链 D 148–182（35 aa）链 E 148–182（35 aa）链 F 148–182（35 aa）链 G 148–182（35 aa）链 H 148–182（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.94 Å
9LIP The cryo-EM structure of the native PMEL fibril lamella 提交 2025-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 A 66–89（24 aa）链 B 148–222（75 aa）链 C 231–298（68 aa）链 D 475–491（17 aa）链 E 66–89（24 aa）链 F 148–222（75 aa）链 G 231–298（68 aa）链 H 475–491（17 aa）链 I 66–89（24 aa）链 J 148–222（75 aa）链 K 231–298（68 aa）链 L 475–491（17 aa）链 M 66–89（24 aa）链 N 148–222（75 aa）链 O 231–298（68 aa）链 P 475–491（17 aa）链 Q 66–89（24 aa）链 R 148–222（75 aa）链 S 231–298（68 aa）链 T 475–491（17 aa）链 U 66–89（24 aa）链 V 148–222（75 aa）链 W 231–298（68 aa）链 X 475–491（17 aa）链 Y 66–89（24 aa）链 Z 148–222（75 aa）链 a 231–298（68 aa）链 b 475–491（17 aa）链 c 66–89（24 aa）链 d 148–222（75 aa）链 e 231–298（68 aa）链 f 475–491（17 aa）链 g 66–89（24 aa）链 h 148–222（75 aa）链 i 231–298（68 aa）链 j 475–491（17 aa）链 k 66–89（24 aa）链 l 148–222（75 aa）链 m 231–298（68 aa）链 n 475–491（17 aa）链 o 66–89（24 aa）链 p 148–222（75 aa）链 q 231–298（68 aa）链 r 475–491（17 aa）链 s 66–89（24 aa）链 t 148–222（75 aa）链 u 231–298（68 aa）链 v 475–491（17 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMEL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 B； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 C； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 D； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 E； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 F； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 G； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182 作者链 H； PDB构建体 1–34； UniProt 149–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jsx
沉积日期 deposition_date	2024-10-01
结构标题 title	G175S PMEL CAF amyloid - in vitro polymerized
关键词 keywords	melanosome, melanoma, pigment, melanin, amyloid, glaucoma, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.56 Å
零角强度 I(0) i0	13985600.00
分子量 molecular_weight	30147.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38522 Å³
包络体积 envelope_volume	49453 Å³
水化壳体积 shell_volume	18881 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.91 Å
包络 Rg envelope_rg	23.59 Å
形状 Rg shape_rg	23.63 Å
总 Rg total_rg	24.13 Å
总原子数 total_atoms	4248
残基数 n_residues	272
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.413
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1558000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.840; Smooth: 0.951

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	1.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	781124

描述 description	M-alpha
分子量 formula_weight	3786.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,B,F,C,G,D,H
原子数 atom_count	4248

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/js/9jsx/9jsx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/js/9jsx/9jsx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/js/9jsx/9jsx.dat

G175S PMEL CAF amyloid - in vitro polymerized

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)