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9jvt

Structure of the C-terminal 4 domains (V4-V6-HP) villin bound to an actin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

Gallus gallus

UniProt P68139

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 g； UniProt 1–377 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Villin × 1 CA CALCIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0 50% PEG 400 0.2 M Li2SO4 1 mM CaCl2 分辨率 3.29 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–377 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Villin × 1 CA CALCIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0 50% PEG 400 0.2 M Li2SO4 1 mM CaCl2 分辨率 3.29 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9JVT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MDU Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (GS-1) 提交 2002-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350, tris, calcium chloride, magnesium chloride, ADP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1MDU Crystal structure of the chicken actin trimer complexed with human gelsolin segment 1 (GS-1) 提交 2002-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 3350, tris, calcium chloride, magnesium chloride, ADP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
5YU8 Cofilin decorated actin filament 提交 2017-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
链 E 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6D8C Cryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin 提交 2018-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 H 3–377（375 aa）
链 J 3–377（375 aa）
链 K 3–377（375 aa）
链 L 3–377（375 aa）
链 M 3–377（375 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
6DJM Cryo-EM structure of AMPPNP-actin filaments 提交 2018-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6DJN Cryo-EM structure of ADP-Pi-actin filaments 提交 2018-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6DJO Cryo-EM structure of ADP-actin filaments 提交 2018-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6M5G F-actin-Utrophin complex 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds
分辨率 3.60 Å
6UPV Alpha-E-catenin ABD-F-actin complex 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
链 E 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6UPW Metavinculin ABD-F-actin complex 提交 2019-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
链 E 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6X5Z Bovine Cardiac Myosin in Complex with Chicken Skeletal Actin and Human Cardiac Tropomyosin in the Rigor State 提交 2020-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Thin filaments were reconstituted by first mixing F-actin and tropomyosin to final concentrations of 10 uM actin and 7 uM tropomyosin. Just before applying 1.5 uL actin-tropomyosin to a freshly glow discharged holey-carbon grid, the surfactant octyl B-D-glucopyranoside was added to the protein solution to a concentration of 12 nM. The grid sample was manually blotted for 1 second and a 1.5 uL drop of 7.5 uM myosin-S1 sub-fragment was then applied to the blotted grid sample. The sample was immediately blotted for 4 seconds and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 4.24 Å
7BT7 F-actin-ADP complex structure 提交 2020-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds
分辨率 3.80 Å
7BTE Lifeact-F-actin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 I 1–377（377 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM KCl,1mM MgCl2,0.2mM EGTA, 10mM Imidazole buffer pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds
分辨率 4.20 Å
7BTI Phalloidin bound F-actin complex 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM KCl,1mM MgCl2,0.2mM EGTA, 10mM Imidazole buffer pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds
分辨率 3.60 Å
7K20 Cryo-EM structure of pyrene-labeled ADP-actin filaments 提交 2020-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 1T4 N-(pyren-1-yl)acetamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K21 Cryo-EM structure of pyrene-labeled ADP-Pi-actin filaments 提交 2020-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 1T4 N-(pyren-1-yl)acetamide × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7KCH Myosin XI-F-actin complex 提交 2020-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0,50 mM KCl,1mM MgCl2, 1mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.33 Å
7R8V Cryo-EM structure of the ADP state actin filament 提交 2021-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 7–377（371 aa）
链 B 7–377（371 aa）
链 C 7–377（371 aa）
链 D 7–377（371 aa）
链 E 7–377（371 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.82 Å
7R91 cryo-EM structure of the rigor state wild type myosin-15-F-actin complex 提交 2021-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 7–377（371 aa）
链 B 7–377（371 aa）
链 C 7–377（371 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
7R94 T-Plastin-F-actin complex 提交 2021-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7RB8 cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex 提交 2021-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–377（373 aa）
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å
7RB9 Cryo-EM structure of the rigor state Jordan myosin-15-F-actin complex 提交 2021-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 5–377（373 aa）
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
7SX8 T-Plastin-F-actin complex, parallel bundled state 提交 2021-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
7SX9 T-Plastin-F-actin complex, anti-parallel bundled state 提交 2021-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
7SXA T-Plastin-F-actin complex, pre-bundling intermediate state 提交 2021-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.87 Å
7UDT cryo-EM structure of the rigor state wild type myosin-15-F-actin complex (symmetry expansion and re-centering) 提交 2022-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 5–377（373 aa）
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
7UDU cryo-EM structure of the ADP state wild type myosin-15-F-actin complex (symmetry expansion and re-centering) 提交 2022-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 5–377（373 aa）
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10 mM imidazole pH 7.0, 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
7W4Z Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (AMPPNP-form) 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Na2HPO4, 19% PEG3350
分辨率 1.15 Å R-free 0.158
7W50 Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (ADP-Pi-form) 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Na2HPO4, 18% PEG3350
分辨率 1.15 Å R-free 0.162
7W51 Crystal structure of fragmin domain-1 in complex with actin (ADP-form) 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M HEPES-NaOH, pH 8.0, 16% PEG3350
分辨率 1.20 Å R-free 0.176
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7W52 Crystal structure of fragmin domain-1 (15-160) in complex with actin 提交 2021-11-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.5, 0.1 M calcium acetate, and 7% PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.246
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.308
7YNE Crystal structure of fragmin domain-1 (1-160) in complex with G-form actin 提交 2022-07-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.1 M calcium acetate, and 12% PEG4000
分辨率 2.70 Å R-free 0.308
8C4C F-actin decorated by SipA497-669 提交 2023-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；5 mM Tris buffer, pH 7.5, 0.1 mM DTT, 0.2 mM ATP, 0.2 mM EGTA and 0.05 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.70 Å
8C4E F-actin decorated by SipA426-685 提交 2023-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；5 mM Tris buffer, pH 7.5, 0.1 mM DTT, 0.2 mM ATP, 0.2 mM EGTA and 0.05 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.60 Å
8D13 Helical ADP-F-actin 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.43 Å
8D14 Helical ADP-Pi-F-actin 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.51 Å
8D15 Bent ADP-F-actin 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
8D16 Bent ADP-Pi-F-actin 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 7–377（371 aa）
链 B 7–377（371 aa）
链 C 7–377（371 aa）
链 D 7–377（371 aa）
链 E 7–377（371 aa）
链 F 7–377（371 aa）
链 G 7–377（371 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 PO4 PHOSPHATE ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8D17 Straight ADP-F-actin 1 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å
8D18 Straight ADP-F-actin 2 提交 2022-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–377（377 aa）
链 B 1–377（377 aa）
链 C 1–377（377 aa）
链 D 1–377（377 aa）
链 E 1–377（377 aa）
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
8E9B Cryo-EM structure of S. pombe Arp2/3 complex in the branch junction 提交 2022-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 H 3–377（375 aa）
链 I 3–377（375 aa）
链 M 3–377（375 aa）
链 N 3–377（375 aa）
链 O 3–377（375 aa）
链 P 3–377（375 aa）
链 Q 3–377（375 aa）
链 R 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8R3H Phalloidin bound F-actin 提交 2023-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
链 I 1–377（377 aa）
链 J 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.13 Å
8SYF Homology model of Acto-HMM complex in ADP-state. Chicken smooth muscle HMM and chicken pectoralis actin 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 19.00 Å
8VFM Salmonella effector protein SipA decorated actin filament 提交 2023-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 J 1–377（377 aa）
链 L 1–377（377 aa）
链 M 1–377（377 aa）
链 N 1–377（377 aa）
链 R 1–377（377 aa）
链 S 1–377（377 aa）
链 U 1–377（377 aa）
链 W 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8VO5 Cryo-EM structure of fascin bound to F-actin (actin binding site 1) 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
链 D 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8VO6 Cryo-EM structure of fascin bound to F-actin (actin binding site 2) 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 5–377（373 aa）
链 F 5–377（373 aa）
链 G 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VO7 Cryo-EM structure of fascin crosslinked F-actin 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
链 D 5–377（373 aa）
链 E 5–377（373 aa）
链 F 5–377（373 aa）
链 G 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VO8 Cryo-EM structure of fascin crosslinked F-actin (Eigen_left) 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
链 D 5–377（373 aa）
链 E 5–377（373 aa）
链 F 5–377（373 aa）
链 G 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8VO9 Cryo-EM structure of fascin crosslinked F-actin (Eigen_middle) 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
链 D 5–377（373 aa）
链 E 5–377（373 aa）
链 F 5–377（373 aa）
链 G 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8VOA Cryo-EM structure of fascin crosslinked F-actin (Eigen_right) 提交 2024-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 5–377（373 aa）
链 C 5–377（373 aa）
链 D 5–377（373 aa）
链 E 5–377（373 aa）
链 F 5–377（373 aa）
链 G 5–377（373 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9DVA F-actin binding interface of alpha-E-catenin ABD (cadherin-catenin complex) and afadin 提交 2024-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 3–377（375 aa）
链 B 3–377（375 aa）
链 C 3–377（375 aa）
链 D 3–377（375 aa）
链 E 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JUS Structure of villin bound to an actin trimer 提交 2024-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 f 1–377（377 aa）
链 g 1–377（377 aa）
链 p 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5 10% PEG 3350 0.2 M KSCN 5 mM CaCl2/MgCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.226
9JUS Structure of villin bound to an actin trimer 提交 2024-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 P 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 8 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5 10% PEG 3350 0.2 M KSCN 5 mM CaCl2/MgCl2
分辨率 2.70 Å R-free 0.226
9JW0 Structure of the N-terminal 3 domains (V1-V3) villin bound to actin 提交 2024-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–377（377 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium nitrate, 1 mM CaCl2
分辨率 2.69 Å R-free 0.259
9L2N Crystal structure of Cytochalasin D bound to a filamentous conformation actin 提交 2024-12-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–377（375 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CY9 (3S,3aR,4S,6S,6aR,7E,10S,12R,13E,15R,15aR)-3-benzyl-6,12-dihydroxy-4,10,12-trimethyl-5-methylidene-1,11-dioxo-2,3,3a,4,5,6,6a,9,10,11,12,15-dodecahydro-1H-cycloundeca[d]isoindol-15-yl acetate × 1 CA CALCIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 and 20 mM Na2HPO4
分辨率 1.70 Å R-free 0.204
9M5E Structure of SPIN90 dimer-Arp2/3 complex-nucleated actin filament (singlet complex) 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 I 1–377（377 aa）
链 J 1–377（377 aa）
链 K 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9M64 Structure of SPIN90 dimer-Arp2/3 complexes-nucleated actin filaments (Doublet Complex) 提交 2025-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 I 1–377（377 aa）
链 J 1–377（377 aa）
链 K 1–377（377 aa）
链 L 1–377（377 aa）
链 i 1–377（377 aa）
链 j 1–377（377 aa）
链 k 1–377（377 aa）
链 l 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12 MG MAGNESIUM ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9QGK F-actin decorated by ITPKA 提交 2025-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
链 I 1–377（377 aa）
链 J 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.97 Å
9SGK F-actin in complex with USP54 M1 actin binding motif 提交 2025-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 F 1–377（377 aa）
链 G 1–377（377 aa）
链 H 1–377（377 aa）
链 I 1–377（377 aa）
链 J 1–377（377 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å

共 57 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_CHICK
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 g； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jvt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jvt
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jvt
沉积日期 deposition_date2024-10-09
结构标题 titleStructure of the C-terminal 4 domains (V4-V6-HP) villin bound to an actin
关键词 keywordsVillin actin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.13 Å
零角强度 I(0) i0458149000.00
分子量 molecular_weight172430.0 kDa
排除体积 excluded_volume214540 ų
包络体积 envelope_volume291690 ų
水化壳体积 shell_volume60700 ų
包络直径 envelope_diameter147.0 Å
壳层 Rg shell_rg45.07 Å
包络 Rg envelope_rg40.44 Å
形状 Rg shape_rg41.15 Å
总 Rg total_rg41.30 Å
总原子数 total_atoms12102
残基数 n_residues1524
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.2 Å
Rg (实空间) rg_real41.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal458100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8705
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.3 Å
偏度 Skewness skewness0.415
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46530000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.824
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)