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9jzw

Crystal structure of E. coli AIR synthetase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase

Escherichia coli K-12

UniProt P08178

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–345 链 B； UniProt 1–345 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol 分辨率 2.10 Å R-free 0.239
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–345 链 D； UniProt 1–345 未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol 分辨率 2.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9JZW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CLI X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE (PURM), FROM THE E. COLI PURINE BIOSYNTHETIC PATHWAY, AT 2.5 A RESOLUTION 提交 1999-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–345（344 aa）
链 D 2–345（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1CLI X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE (PURM), FROM THE E. COLI PURINE BIOSYNTHETIC PATHWAY, AT 2.5 A RESOLUTION 提交 1999-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–345（344 aa）
链 D 2–345（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1CLI X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE (PURM), FROM THE E. COLI PURINE BIOSYNTHETIC PATHWAY, AT 2.5 A RESOLUTION 提交 1999-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–345（344 aa）
链 B 2–345（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1CLI X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE (PURM), FROM THE E. COLI PURINE BIOSYNTHETIC PATHWAY, AT 2.5 A RESOLUTION 提交 1999-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–345（344 aa）
链 B 2–345（344 aa）
链 C 2–345（344 aa）
链 D 2–345（344 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
9JZX Crystal structure of E. coli AIR synthetase bound to AMP 提交 2024-10-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–345（345 aa）
链 B 1–345（345 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
9JZX Crystal structure of E. coli AIR synthetase bound to AMP 提交 2024-10-15 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–345（345 aa）
链 D 1–345（345 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；ammonium sulfate, 2-propanol
分辨率 2.50 Å R-free 0.245
9VNU Crystal structure of chimeric AIR synthetase constructed from E. coli (residues 1-168) and Pyrococcus abyssi (residues 163-334) 提交 2025-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–168（168 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), magnesium chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.223

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUR5_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345 作者链 B； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345 作者链 C； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345 作者链 D； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jzw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jzw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jzw
沉积日期 deposition_date2024-10-15
结构标题 titleCrystal structure of E. coli AIR synthetase
关键词 keywordsPurine synthesis, ATP hydrolysis, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.68 Å
零角强度 I(0) i0310841000.00
分子量 molecular_weight141880.0 kDa
排除体积 excluded_volume177130 ų
包络体积 envelope_volume227440 ų
水化壳体积 shell_volume51293 ų
包络直径 envelope_diameter132.0 Å
壳层 Rg shell_rg42.63 Å
包络 Rg envelope_rg37.47 Å
形状 Rg shape_rg37.72 Å
总 Rg total_rg37.85 Å
总原子数 total_atoms9948
残基数 n_residues1318
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.2 Å
Rg (实空间) rg_real38.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal310800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8692
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.6 Å
偏度 Skewness skewness0.428
峰度 Kurtosis kurtosis-0.303
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha75180000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.753
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)