9koz

Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with iptriazopyrid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9koz
沉积日期 deposition_date	2024-11-22
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with iptriazopyrid
关键词 keywords	inhibitor, complex, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.34 Å
零角强度 I(0) i0	926661000.00
分子量 molecular_weight	164850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159090 Å³
包络体积 envelope_volume	281840 Å³
水化壳体积 shell_volume	62690 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.52 Å
包络 Rg envelope_rg	35.08 Å
形状 Rg shape_rg	35.34 Å
总 Rg total_rg	35.75 Å
总原子数 total_atoms	12470
残基数 n_residues	1585
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	926800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9030
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.097
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.612
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	178200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.930

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase
分子量 formula_weight	48742.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12858

GHQNAAVSENQNHDDGAASSPGFKLVGFSKFVRKNPKSDKFKVKRFHHIEFWCGDATNVARRFSWGLGMRFSAKSDLSTGNMVHASYLLTSGDLRFLFTAPYSPSLSAGEIKPTTTASIPSFDHGSCRSFFSSHGLGVRAVAIEVEDAESAFSISVANGAIPSSPPIVLNEAVTIAEVKLYGDVVLRYVSYKAEDTEKSEFLPGFERVEDASSFPLDYGIRRLDHAVGNVPELGPALTYVAGFTGFHQFAEFTADDVGTAESGLNSAVLASNDEMVLLPINEPVHGTKRKSQIQTYLEHNEGAGLQHLALMSEDIFRTLREMRKRSSIGGFDFMPSPPPTYYQNLKKRVGDVLSDDQIKECEELGILVDRDDQGTLLQIFTKPLGDRPTIFIEIIQRVGCMMKDEEGKAYQSGGCGGFGKGNFSELFKSIEEYEKTLEAKQLVG

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	iptriazopyrid
分子量 formula_weight	432.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	388

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.160 Å
晶胞边长 b length_b	96.040 Å
晶胞边长 c length_c	97.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	48.022 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2662

fit	/app/data/saxs_computation/ko/9koz/9koz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/9koz/9koz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/9koz/9koz.dat

Crystal structure of Arabidopsis thaliana HPPD complexed with iptriazopyrid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction