9kt5

;Synchrotron X-ray crystal structure of oxygen-bound F87A/F393H P450BM3 with decoy C7ProPhe (N-enanthyl-L-prolyl-L-phenylalanine) and substrate styrene at 2 MGy X-ray dose ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kt5
沉积日期 deposition_date	2024-12-01
结构标题 title	;Synchrotron X-ray crystal structure of oxygen-bound F87A/F393H P450BM3 with decoy C7ProPhe (N-enanthyl-L-prolyl-L-phenylalanine) and substrate styrene at 2 MGy X-ray dose ;
关键词 keywords	Cytochrome P450, heme enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.93 Å
零角强度 I(0) i0	168502000.00
分子量 molecular_weight	106600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134240 Å³
包络体积 envelope_volume	164720 Å³
水化壳体积 shell_volume	41067 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.91 Å
包络 Rg envelope_rg	33.94 Å
形状 Rg shape_rg	33.93 Å
总 Rg total_rg	34.37 Å
总原子数 total_atoms	7511
残基数 n_residues	910
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.7 Å
Rg (实空间) rg_real	34.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	168500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8648
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.911

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
分子量 formula_weight	52215.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.1,1.6.2.4
突变 mutation	F87A,F393H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8461

MTIKEMPQPKTFGELKNLPLLNTDKPVQALMKIADELGEIFKFEAPGRVTRYLSSQRLIKEACDESRFDKNLSQALKFVRDFAGDGLATSWTHEKNWKKAHNILLPSFSQQAMKGYHAMMVDIAVQLVQKWERLNADEHIEVPEDMTRLTLDTIGLCGFNYRFNSFYRDQPHPFITSMVRALDEAMNKLQRANPDDPAYDENKRQFQEDIKVMNDLVDKIIADRKASGEQSDDLLTHMLNGKDPETGEPLDDENIRYQIITFLIAGHETTSGLLSFALYFLVKNPHVLQKAAEEAARVLVDPVPSYKQVKQLKYVGMVLNEALRLWPTAPAFSLYAKEDTVLGGEYPLEKGDELMVLIPQLHRDKTIWGDDVEEFRPERFENPSAIPQHAFKPHGNGQRACIGQQFALHEATLVLGMMLKHFDFEDHTNYELDIKETLTLKPEGFVVKAKSKKIPL

来源 Source

来源生物 organism	Priestia megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1348623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ethenylbenzene
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S)-2-[[(2S)-1-heptylpyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-3-phenyl-propanoic acid
分子量 formula_weight	360.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	880

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.130 Å
晶胞边长 b length_b	129.340 Å
晶胞边长 c length_c	150.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	43.640 Å
R 因子 r_factor	0.1515
R_work r_work	0.1490
R_free r_free	0.2003

fit	/app/data/saxs_computation/kt/9kt5/9kt5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kt/9kt5/9kt5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kt/9kt5/9kt5.dat