9ktd

Fe(II)-bound CpfC (HemH) Y13C variant modified with bromobimane

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ktd
沉积日期 deposition_date	2024-12-02
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Fe(II)-bound CpfC (HemH) Y13C variant modified with bromobimane
关键词 keywords	Chelatase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.81 Å
零角强度 I(0) i0	22601700.00
分子量 molecular_weight	35913.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44679 Å³
包络体积 envelope_volume	50741 Å³
水化壳体积 shell_volume	21448 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.8 Å
壳层 Rg shell_rg	26.34 Å
包络 Rg envelope_rg	20.07 Å
形状 Rg shape_rg	19.79 Å
总 Rg total_rg	20.73 Å
总原子数 total_atoms	2512
残基数 n_residues	310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7832
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4654000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Coproporphyrin III ferrochelatase
分子量 formula_weight	37169.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.99.1.9
突变 mutation	Y13C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2924

MVSRKKMGLLVMACGTPYKEEDIERYYTHIRRGRKPEPEMLQDLKDRYEAIGGISPLAQITEQQAHNLEQHLNEIQDEITFKAYIGLKHIEPFIEDAVAEMHKDGITEAVSIVLAPHFSTFSVQSYNKRAKEEAEKLGGLTITSVESWYDEPKFVTYWVDRVKETYASMPEDERENAMLIVSAHSLPEKIKEFGDPYPDQLHESAKLIAEGAGVSEYAVGWQSEGNTPDPWLGPDVQDLTRDLFEQKGYQAFVYVPVGFVADHLEVLYDNDYECKVVTDDIGASYYRPEMPNAKPEFIDALATVVLKKLGRVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-(bromomethyl)-2,5,6-trimethyl-1H,7H-pyrazolo[1,2-a]pyrazole-1,7-dione
分子量 formula_weight	271.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	354

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.092 Å
晶胞边长 b length_b	49.542 Å
晶胞边长 c length_c	117.311 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.380 Å
最低分辨率 resolution_low	37.850 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2072

fit	/app/data/saxs_computation/kt/9ktd/9ktd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kt/9ktd/9ktd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kt/9ktd/9ktd.dat