9kur

Crystal structure of mAb nCoV400Fab with SARS-CoV-2 N-CTD Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kur
沉积日期 deposition_date	2024-12-04
最后修订 last_revision	2025-10-15
结构标题 title	Crystal structure of mAb nCoV400Fab with SARS-CoV-2 N-CTD Complex
关键词 keywords	Coronavirus, SARS-CoV-2, Nucleocapsid protein, C-terminal dimerization domain, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.82 Å
零角强度 I(0) i0	218182000.00
分子量 molecular_weight	117840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146890 Å³
包络体积 envelope_volume	195960 Å³
水化壳体积 shell_volume	46678 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.90 Å
包络 Rg envelope_rg	34.17 Å
形状 Rg shape_rg	34.80 Å
总 Rg total_rg	35.39 Å
总原子数 total_atoms	8311
残基数 n_residues	1099
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	218200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8395
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.139
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.699
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	13084.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9097

SSAAEASKKPRQKRTATKAYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYTGAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFPP

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	400Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	24939.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGSSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDHLELSAAGSQINYYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	400Fab Light chain
分子量 formula_weight	22923.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,D

SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKQYAYWYQQKPGQAPVLVIYKDSERPSGIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSGTSHWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	780

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.408 Å
晶胞边长 b length_b	74.222 Å
晶胞边长 c length_c	96.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.63 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.07 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	24.980 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1993
R_free r_free	0.2494

fit	/app/data/saxs_computation/ku/9kur/9kur.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ku/9kur/9kur.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ku/9kur/9kur.dat

Crystal structure of mAb nCoV400Fab with SARS-CoV-2 N-CTD Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)