9l0m

Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 151.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycystin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3052–4303	未记录	Polycystin-2 × 3 （Q13563） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9L0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4R PKD DOMAIN 1 FROM HUMAN POLYCYSTEIN-1 提交 1998-12-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 275–354（80 aa）片段：PKD DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；298 K	分辨率未提供
6A70 Structure of the human PKD1/PKD2 complex 提交 2018-06-29	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 3049–4169（1121 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8Z6B Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex 提交 2024-04-18	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8Z6F Structure of polycystin-1/polycystin-2 complex with PI(4)P-bound 提交 2024-04-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	A1D75 [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8Z6H Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-04-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8ZKH Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-05-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 2.30 Å
8ZKR Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidic acid bound 提交 2024-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 2.80 Å
8ZKS Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutation 提交 2024-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.21 Å
8ZKT Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.34 Å
8ZKU Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.34 Å
8ZL8 Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with 7b,27-DHC 提交 2024-05-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	A1EQ3 (3~{S},7~{R},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-17-[(2~{R},6~{R})-6-methyl-7-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7-diol × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.38 Å
9L0W Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 3052–4303（1252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PKD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–1261； UniProt 3052–4303

Polycystin-2

Homo sapiens

UniProt Q13563

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–968 链 C； UniProt 1–968 链 D； UniProt 1–968	突变：L677A,N681A	Polycystin-1 × 1 （P98161） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9L0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KLD Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 680–796（117 aa）片段：residues 680-796	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KLE ISIC Refined Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 680–796（117 aa）片段：residues 680-796	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KQ6 The structure of the EF-hand domain of polycystin-2 suggests a mechanism for Ca2+-dependent regulation of polycystin-2 channel activity 提交 2009-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 720–797（78 aa）片段：UNP residues 720-797	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 % D2O, 0.05 % sodium azide, 10 uM PMSF, 2 mM TRIS pH7.4, 150 mM sodium chloride, 20 mM Ca2+, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1 mM [U-15N] protein, 2 mM TRIS pH7.4, 20 mM Ca2+, 150 mM sodium chloride, 5% D2O, 10 uM PMSF, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2Y4Q Solution structure of the EF-hand domain of Human Polycystin 2 提交 2011-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 717–792（76 aa）片段：RESIDUES 717-792	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 NMR样品组成 95% WATER / 5% D2O	分辨率未提供
3HRN crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 833–895（63 aa）片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-895	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；Dioxane, NaAc, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3HRO Crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 833–872（40 aa）片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-872	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；PEG 6000, LiCl, Citric Acid, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5K47 CryoEM structure of the human Polycystin-2/PKD2 TRP channel 提交 2016-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–723（539 aa）片段：UNP residues 185-723 链 B 185–723（539 aa）片段：UNP residues 185-723 链 C 185–723（539 aa）片段：UNP residues 185-723 链 D 185–723（539 aa）片段：UNP residues 185-723	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microlitres were applied to the grid and blotted for 3secs prior to plunge in liquid ethane	分辨率 4.22 Å
5MKE cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with cations and lipids 提交 2016-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–968（968 aa）链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
5MKF cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with calcium and lipids 提交 2016-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–968（968 aa）链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 CA CALCIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
5T4D Cryo-EM structure of Polycystic Kidney Disease protein 2 (PKD2), residues 198-703 提交 2016-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 198–702（505 aa）链 B 198–702（505 aa）链 C 198–702（505 aa）链 D 198–702（505 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 7 seconds, -1 mm offset before plunging	分辨率 3.00 Å
6A70 Structure of the human PKD1/PKD2 complex 提交 2018-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–723（539 aa）链 F 185–723（539 aa）链 G 185–723（539 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6D1W human PKD2 F604P mutant 提交 2018-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–792（740 aa）链 B 53–792（740 aa）链 C 53–792（740 aa）链 D 53–792（740 aa）	突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
6T9N CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(4,5)P2 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–723（539 aa）链 B 185–723（539 aa）链 C 185–723（539 aa）链 D 185–723（539 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 32 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
6T9O CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(3,5)P2 提交 2019-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–723（539 aa）链 B 185–723（539 aa）链 C 185–723（539 aa）链 D 185–723（539 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 20 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
6WB8 Cryo-EM structure of PKD2 C331S disease variant 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 41–792（752 aa）链 B 41–792（752 aa）链 C 41–792（752 aa）链 D 41–792（752 aa）	突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8HK7 Structure of PKD2-F604P (Polycystin-2, TRPP2) with ML-SA1 提交 2022-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–719（535 aa）链 B 185–719（535 aa）链 C 185–719（535 aa）链 D 185–719（535 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1 AQV 2-{2-oxo-2-[(4S)-2,2,4-trimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8K3S Structure of PKD2-F604P complex 提交 2023-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 185–719（535 aa）链 B 185–719（535 aa）链 C 185–719（535 aa）链 D 185–719（535 aa）	突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P	PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.00 Å
8Z6B Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex 提交 2024-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8Z6F Structure of polycystin-1/polycystin-2 complex with PI(4)P-bound 提交 2024-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	A1D75 [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8Z6H Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-04-19	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8ZKH Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-05-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 2.30 Å
8ZKR Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidic acid bound 提交 2024-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 2.80 Å
8ZKS Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutation 提交 2024-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.21 Å
8ZKT Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.34 Å
8ZKU Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.34 Å
8ZL8 Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with 7b,27-DHC 提交 2024-05-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	未记录	A1EQ3 (3~{S},7~{R},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-17-[(2~{R},6~{R})-6-methyl-7-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7-diol × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4	分辨率 3.38 Å
9DLI PKD2 ion channel, R638C variant 提交 2024-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A1 53–792（740 aa）链 A2 53–792（740 aa）链 A3 53–792（740 aa）链 A4 53–792（740 aa）	突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9DWQ PKD2 ion channel, F629S variant 提交 2024-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 53–792（740 aa）链 B 53–792（740 aa）链 C 53–792（740 aa）链 D 53–792（740 aa）	突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C	分辨率 2.76 Å
9DWT PKD2 ion channel, F634A mutant 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–693（480 aa）链 B 214–693（480 aa）链 C 214–693（480 aa）链 D 214–693（480 aa）	突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C	分辨率 3.01 Å
9L0W Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–968（968 aa）链 C 1–968（968 aa）链 D 1–968（968 aa）	突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PKD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 38–1005； UniProt 1–968 作者链 C； PDB构建体 38–1005； UniProt 1–968 作者链 D； PDB构建体 38–1005； UniProt 1–968

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l0m
沉积日期 deposition_date	2024-12-12
结构标题 title	Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex
关键词 keywords	ADPKD, polycystin-1, polycystin-2, ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.05 Å
零角强度 I(0) i0	736924000.00
分子量 molecular_weight	229490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	289140 Å³
包络体积 envelope_volume	449600 Å³
水化壳体积 shell_volume	81828 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.64 Å
包络 Rg envelope_rg	45.06 Å
形状 Rg shape_rg	45.11 Å
总 Rg total_rg	45.13 Å
总原子数 total_atoms	16256
残基数 n_residues	2181
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.3 Å
Rg (实空间) rg_real	46.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	737100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8726
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.218
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.293
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	83410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.776

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polycystin-1
分子量 formula_weight	138627.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16256

MDYKDDDDKGASLFVPPSHVRFVFPEPTADVNYIVMLTCAVCLVTYMVMAAILHKLDQLDASRGRAIPFCGQRGRFKYEILVKTGWGRGSGTTAHVGIMLYGVDSRSGHRHLDGDRAFHRNSLDIFRIATPHSLGSVWKIRVWHDNKGLSPAWFLQHVIVRDLQTARSAFFLVNDWLSVETEANGGLVEKEVLAASDAALLRFRRLLVAELQRGFFDKHIWLSIWDRPPRSRFTRIQRATCCVLLICLFLGANAVWYGAVGDSAYSTGHVSRLSPLSVDTVAVGLVSSVVVYPVYLAILFLFRMSRSKVAGSPSPTPAGQQVLDIDSCLDSSVLDSSFLTFSGLHAEQAFVGQMKSDLFLDDSKSLVCWPSGEGTLSWPDLLSDPSIVGSNLRQLARGQAGHGLGPEEDGFSLASPYSPAKSFSASDEDLIQQVLAEGVSSPAPTQDTHMETDLLSSLSSTPGEKTETLALQRLGELGPPSPGLNWEQPQAARLSRTGLVEGLRKRLLPAWCASLAHGLSLLLVAVAVAVSGWVGASFPPGVSVAWLLSSSASFLASFLGWEPLKVLLEALYFSLVAKRLHPDEDDTLVESPAVTPVSARVPRVRPPHGFALFLAKEEARKVKRLHGMLRSLLVYMLFLLVTLLASYGDASCHGHAYRLQSAIKQELHSRAFLAITRSEELWPWMAHVLLPYVHGNQSSPELGPPRLRQVRLQEALYPDPPGPRVHTCSAAGGFSTSDYDVGWESPHNGSGTWAYSAPDLLGAWSWGSCAVYDSGGYVQELGLSLEESRDRLRFLQLHNWLDNRSRAVFLELTRYSPAVGLHAAVTLRLEFPAAGRALAALSVRPFALRRLSAGLSLPLLTSVCLLLFAVHFAVAEARTWHREGRWRVLRLGAWARWLLVALTAATALVRLAQLGAADRQWTRFVRGRPRRFTSFDQVAQLSSAARGLAASLLFLLLVKAAQQLRFVRQWSVFGKTLCRALPELLGVTLGLVVLGVAYAQLAILLVSSCVDSLWSVAQALLVLCPGTGLSTLCPAESWHLSPLLCVGLWALRLWGALRLGAVILRWRYHALRGELYRPAWEPQDYEMVELFLRRLRLWMGLSKVKEFRHKVRFEGMEPLPSRSSRGSKVSPDVPPPSAGSDASHPSTSSSQLDGLSVSLGRLGTRCEPEPSRLQAVFEALLTQFDRLNQATEDVYQLEQQLHSLQGRRSSRAPAGSSRGPSPGLRPALPSRLARASRGVDLATGPSRTPLRAKNKVHPSSTL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polycystin-2
分子量 formula_weight	113313.7 kDa
突变 mutation	L677A,N681A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D

MGASSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGGSMVNSSRVQPQQPGDAKRPPAPRAPDPGRLMAGCAAVGASLAAPGGLCEQRGLEIEMQRIRQAAARDPPAGAAASPSPPLSSCSRQAWSRDNPGFEAEEEEEEVEGEEGGMVVEMDVEWRPGSRRSAASSAVSSVGARSRGLGGYHGAGHPSGRRRRREDQGPPCPSPVGGGDPLHRHLPLEGQPPRVAWAERLVRGLRGLWGTRLMEESSTNREKYLKSVLRELVTYLLFLIVLCILTYGMMSSNVYYYTRMMSQLFLDTPVSKTEKTNFKTLSSMEDFWKFTEGSLLDGLYWKMQPSNQTEADNRSFIFYENLLLGVPRIRQLRVRNGSCSIPQDLRDEIKECYDVYSVSSEDRAPFGPRNGTAWIYTSEKDLNGSSHWGIIATYSGAGYYLDLSRTREETAAQVASLKKNVWLDRGTRATFIDFSVYNANINLFCVVRLLVEFPATGGVIPSWQFQPLKLIRYVTTFDFFLAACEIIFCFFIFYYVVEEILEIRIHKLHYFRSFWNCLDVVIVVLSVVAIGINIYRTSNVEVLLQFLEDQNTFPNFEHLAYWQIQFNNIAAVTVFFVWIKLFKFINFNRTMSQLSTTMSRCAKDLFGFAIMFFIIFLAYAQLAYLVFGTQVDDFSTFQECIFTQFRIILGDINFAEIEEANRVLGPIYFTTFVFFMFFILLNMFAAIIADTYSEVKSDLAQQKAEMELSDLIRKGYHKALVKLKLKKNTVDDISESLRQGGGKLNFDELRQDLKGKGHTDAEIEAIFTKYDQDGDQELTEHEHQQMRDDLEKEREDLDLDHSSLPRPMSSRSFPRSLDDSEEDDDEDSGHSSRRRGSISSGVSYEEFQVLVRRVDRMEHSIGSIVSKIDAVIVKLEIMERAKLKRREVLGRLLDGVAEDERLGRDSEIHREQMERLVREELERWESDDAASQISHGLGTPVGLNGQPRPRSSRPSSSQSTEGMEGAGGNGSSNVHV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.34 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192205

fit	/app/data/saxs_computation/l0/9l0m/9l0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l0/9l0m/9l0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l0/9l0m/9l0m.dat

Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycystin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycystin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)