9l8p

in situ structure of mtHsp60-Hsp10

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 208.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9l8p
沉积日期 deposition_date	2024-12-27
结构标题 title	in situ structure of mtHsp60-Hsp10
关键词 keywords	mtHsp60-Hsp10, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	76.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.39 Å
零角强度 I(0) i0	11950800000.00
分子量 molecular_weight	943190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1190000 Å³
包络体积 envelope_volume	2352300 Å³
水化壳体积 shell_volume	252610 Å³
包络直径 envelope_diameter	257.7 Å
壳层 Rg shell_rg	83.13 Å
包络 Rg envelope_rg	72.38 Å
形状 Rg shape_rg	76.47 Å
总 Rg total_rg	76.21 Å
总原子数 total_atoms	66080
残基数 n_residues	8778
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.2 Å
Rg (实空间) rg_real	74.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1670e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0330e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11970000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8600
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.164
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1411
最高正则化参数 α highest_alpha	7334000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.243

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	60 kDa heat shock protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	61132.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.1.7
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,F,E,D,C,B,J,I,H,N,Y,L,K
原子数 atom_count	66080

MLRLPTVFRQMRPVSRVLAPHLTRAYAKDVKFGADARALMLQGVDLLADAVAVTMGPKGRTVIIEQSWGSPKVTKDGVTVAKSIDLKDKYKNIGAKLVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLARSIAKEGFEKISKGANPVEIRRGVMLAVDAVIAELKKQSKPVTTPEEIAQVATISANGDKEIGNIISDAMKKVGRKGVITVKDGKTLNDELEIIEGMKFDRGYISPYFINTSKGQKCEFQDAYVLLSEKKISSIQSIVPALEIANAHRKPLVIIAEDVDGEALSTLVLNRLKVGLQVVAVKAPGFGDNRKNQLKDMAIATGGAVFGEEGLTLNLEDVQPHDLGKVGEVIVTKDDAMLLKGKGDKAQIEKRIQEIIEQLDVTTSEYEKEKLNERLAKLSDGVAVLKVGGTSDVEVNEKKDRVTDALNATRAAVEEGIVLGGGCALLRCIPALDSLTPANEDQKIGIEIIKRTLKIPAMTIAKNAGVEGSLIVEKIMQSSSEVGYDAMAGDFVNMVEKGIIDPTKVVRTALLDAAGVASLLTTAEVVVTEIPKEEKDPGMGAMGGMGGGMGGGMF

Entity 2 polymer

描述 description	10 kDa heat shock protein, mitochondrial
分子量 formula_weight	10946.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,U,T,S,R,Q,P,X,W,V,2,1,Z,M

MAGQAFRKFLPLFDRVLVERSAAETVTKGGIMLPEKSQGKVLQATVVAVGSGSKGKGGEIQPVSVKVGDKVLLPEYGGTKVVLDDKDYFLFRDGDILGKYVD

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	7.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	6735

fit	/app/data/saxs_computation/l8/9l8p/9l8p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l8/9l8p/9l8p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l8/9l8p/9l8p.dat

in situ structure of mtHsp60-Hsp10

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)