9lu3

LN1F9 Fab bound to Nipah Virus attachment (G) glycoprotein head domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 216.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lu3
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
结构标题 title	LN1F9 Fab bound to Nipah Virus attachment (G) glycoprotein head domain
关键词 keywords	Glycoprotein G, Fab, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.84 Å
零角强度 I(0) i0	510667000.00
分子量 molecular_weight	189460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	237230 Å³
包络体积 envelope_volume	351410 Å³
水化壳体积 shell_volume	49863 Å³
包络直径 envelope_diameter	232.0 Å
壳层 Rg shell_rg	52.95 Å
包络 Rg envelope_rg	67.09 Å
形状 Rg shape_rg	65.82 Å
总 Rg total_rg	65.56 Å
总原子数 total_atoms	13333
残基数 n_residues	1685
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	216.7 Å
Rg (实空间) rg_real	65.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	507800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6401
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	36.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.593
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	11180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.322; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.237; Smooth: 0.113

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein G
分子量 formula_weight	49608.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13333

HHHHHHLEVLFQGPEGVSNLVGLPNNICLQKTSNQILKPKLISYTLPVVGQSGTCITDPLLAMDEGYFAYSHLERIGSCSRGVSKQRIIGVGEVLDRGDEVPSLFMTNVWTPPNPNTVYHCSAVYNNEFYYVLCAVSTVGDPILNSTYWSGSLMMTRLAVKPKSNGGGYNQHQLALRSIEKGRYDKVMPYGPSGIKQGDTLYFPAVGFLVRTEFKYNDSNCPITKCQYSKPENCRLSMGIRPNSHYILRSGLLKYNLSDGENPKVVFIEISDQRLSIGSPSKIYDSLGQPVFYQASFSWDTMIKFGDVLTVNPLVVNWRNNTVISRPGQSQCPRFNTCPEICWEGVYNDAFLIDRINWISAGVFLDSNQTAENPVFTVFKDNEILYRAQLASEDTNAQKTITNCFLLKNKIWCISLVEIYDTGDNVIRPKLFAVKIPEQCT

来源 Source

来源生物 organism	Henipavirus nipahense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052225
宿主生物 host_organism	Homo

Entity 2 polymer

描述 description	mAb LN1F9 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25208.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,D

EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFSFRNYAMSWVRQSPEKRLEWVAEVSSGGGYTYYPDTVTGRFTISRDNAKNILYLEMSSLRSEDTAMYYCTRDPDSSGYLAWFAYWGQGTLVTVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	mAb LN1F9 Fab light chain
分子量 formula_weight	23396.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,E

DILLTQSPASLSASVGETVTITCRASENINSYLAWYQQKQGKSPQLLVYNAKTLAEGVPSRFSGSGSDTQFSLKINTLQPEDFGTYYCQHHSGTPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.416 Å
晶胞边长 b length_b	125.155 Å
晶胞边长 c length_c	152.376 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.440 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2194
R_free r_free	0.2688

fit	/app/data/saxs_computation/lu/9lu3/9lu3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lu/9lu3/9lu3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lu/9lu3/9lu3.dat

LN1F9 Fab bound to Nipah Virus attachment (G) glycoprotein head domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)