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9m3i

Crystal structure of the Bre1-Lge1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 240.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase BRE1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q07457

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 313–700 链 B； UniProt 313–700 链 D； UniProt 227–312 链 E； UniProt 227–312 未记录 Transcriptional regulatory protein LGE1 × 1 （Q02796） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；120 mM ammonium citrate (pH 7.0), 12 % polyethylene glycol monomethyl ether (molecular weight 5000 Da), 0.5% beta-mercaptoethanol and 20 mM dithiothreitol 分辨率 3.50 Å R-free 0.325

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9M3I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4R7E Structure of Bre1 RING domain 提交 2014-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 632–700（69 aa） 片段：RING domain (UNP residues 632-700)
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；2.0 M ammonium sulfate and 0.1 mM sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.25 Å R-free 0.247
7UV8 Rad6-Bre1 Complex 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 1–212（212 aa）
链 V 1–212（212 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；286.15 K；0.05 to 0.1 M MMT buffer and 15-25% PEG400
分辨率 2.70 Å R-free 0.280
7UVC Rad6(P43L)-Bre1 Complex 提交 2022-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 U 1–212（212 aa）
链 V 1–212（212 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；286 K；0.05 to 0.1 M MMT buffer and 15-25% PEG400
分辨率 3.05 Å R-free 0.279
8IEG Bre1(mRBD-RING)/Rad6-Ub/nucleosome complex 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 637–700（64 aa）
链 B 637–700（64 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
8T3T Structure of Bre1-nucleosome complex - state3 提交 2023-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 591–700（110 aa）
链 L 591–700（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8T3W Structure of Bre1-nucleosome complex - state2 提交 2023-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 591–700（110 aa）
链 L 591–700（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8T3Y Structure of Bre1-nucleosome complex - state1 提交 2023-06-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 591–700（110 aa）
链 L 591–700（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRE1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1, 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–388； UniProt 313–700 作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 313–700 作者链 D； PDB构建体 1–86； UniProt 227–312 作者链 E； PDB构建体 1–86； UniProt 227–312

Transcriptional regulatory protein LGE1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q02796

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 261–332 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1 × 2 （Q07457） E3 ubiquitin-protein ligase BRE1 × 2 （Q07457） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；120 mM ammonium citrate (pH 7.0), 12 % polyethylene glycol monomethyl ether (molecular weight 5000 Da), 0.5% beta-mercaptoethanol and 20 mM dithiothreitol 分辨率 3.50 Å R-free 0.325

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LGE1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–72； UniProt 261–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9m3i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9m3i
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9m3i
沉积日期 deposition_date2025-03-02
结构标题 titleCrystal structure of the Bre1-Lge1 complex
关键词 keywordsubiquitin ligase, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier74.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron76.31 Å
零角强度 I(0) i0128208000.00
分子量 molecular_weight92469.0 kDa
排除体积 excluded_volume115630 ų
包络体积 envelope_volume202200 ų
水化壳体积 shell_volume29212 ų
包络直径 envelope_diameter269.7 Å
壳层 Rg shell_rg46.83 Å
包络 Rg envelope_rg77.44 Å
形状 Rg shape_rg76.38 Å
总 Rg total_rg75.15 Å
总原子数 total_atoms6491
残基数 n_residues799
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax240.6 Å
Rg (实空间) rg_real74.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal68.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal126500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6004
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.598
峰度 Kurtosis kurtosis-0.559
角度范围 angular_range— – 0.1050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0058
最高正则化参数 α highest_alpha4709000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.070; Stabil: 0.985; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.135; Smooth: 0.491
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)