9m3r

Crystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with ATP competitive inhibitor 29

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9m3r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9m3r
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9m3r
沉积日期 deposition_date2025-03-03
最后修订 last_revision2025-06-25
结构标题 titleCrystal structure of human pyruvate dehydrogenase kinase isoform 1 in complex with ATP competitive inhibitor 29
关键词 keywordsghkl atpase/kinase family, pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial kinase, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.04
零角强度 I(0) i055126400.00
分子量 molecular_weight39073.0 kDa
排除体积 excluded_volume38045 ų
包络体积 envelope_volume64195 ų
水化壳体积 shell_volume24118 ų
包络直径 envelope_diameter79.7
壳层 Rg shell_rg29.11
包络 Rg envelope_rg22.47
形状 Rg shape_rg22.00
总 Rg total_rg22.77
总原子数 total_atoms2952
残基数 n_residues357
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.1
Rg (实空间) rg_real22.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real5.5130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal55130000.0000
解质量估计 total_estimate0.8165
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary27.7
偏度 Skewness skewness0.239
峰度 Kurtosis kurtosis-0.426
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10140000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)