9mb4

Metal Beta Lactamase NDM-1 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor 14

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mb4
沉积日期 deposition_date	2025-03-15
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	Metal Beta Lactamase NDM-1 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor 14
关键词 keywords	Beta Lactamase, Metallo Beta Lactamase NDM-1, Carbapenemase, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.70 Å
零角强度 I(0) i0	160243000.00
分子量 molecular_weight	97726.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120920 Å³
包络体积 envelope_volume	146050 Å³
水化壳体积 shell_volume	40405 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.41 Å
包络 Rg envelope_rg	29.38 Å
形状 Rg shape_rg	29.72 Å
总 Rg total_rg	30.28 Å
总原子数 total_atoms	13450
残基数 n_residues	904
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9132
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.042
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Metallo-beta-lactamase type 2
分子量 formula_weight	25574.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13681

EIRPTIGQQMETGDQRFGDLVFRQLAPNVWQHTSYLDMPGFGAVASNGLIVRDGGRVLVVDTAWTDDQTAQILNWIKQEINLPVALAVVTHAHQDKMGGMDALHAAGIATYANALSNQLAPQEGMVAAQHSLTFAANGWVEPATAPNFGPLKVFYPGPGHTSDNITVGIDGTDIAFGGCLIKDSKAKSLGNLGDADTEHYAASARAFGAAFPKASMIVMSHSAPDSRAAITHTARMADKLR

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	;3,3-bis(oxidanyl)-9-[(4-thiophen-2-yl-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]-2,5-dioxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(6),7,9-triene-10-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	374.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	231

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.170 Å
晶胞边长 b length_b	73.601 Å
晶胞边长 c length_c	77.476 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.441 Å
最低分辨率 resolution_low	42.498 Å
R 因子 r_factor	0.1792
R_work r_work	0.1726
R_free r_free	0.2713

fit	/app/data/saxs_computation/mb/9mb4/9mb4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mb/9mb4/9mb4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mb/9mb4/9mb4.dat

Metal Beta Lactamase NDM-1 in Complex with Dual MBL/SBL Inhibitor 14

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction