9mr7

Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 152.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mr7
沉积日期 deposition_date	2025-01-07
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab
关键词 keywords	Toxin, Pertussis, Antibody; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.50 Å
零角强度 I(0) i0	471260000.00
分子量 molecular_weight	177120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	221380 Å³
包络体积 envelope_volume	314600 Å³
水化壳体积 shell_volume	62737 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.22 Å
包络 Rg envelope_rg	44.30 Å
形状 Rg shape_rg	44.52 Å
总 Rg total_rg	44.47 Å
总原子数 total_atoms	12463
残基数 n_residues	1605
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	471200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6312
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	50.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.231
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	53140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.005; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.716

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 1
分子量 formula_weight	26148.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12463

DDPPATVYKYDSRPPEDVFQNGFTAWGNNDNVLDHLTGRSCQVGSSNSAFVSTSSSRRYTEVYLEHRMQEAVEAERAGRGTGHFIGYIYEVRADNNFYGAASSYFEYVDTYGDNAGRILAGALATYQSGYLAHRRIPPENIRRVTRVYHNGITGETTTTEYSNARYVSQQTRANPNPYTSRRSVASIVGTLVRMAPVIGACMARQAESSEAMAAWSERAGEAMVLVYYESIAYSF

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

Entity 2 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 2
分子量 formula_weight	21913.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STPGIVIPPQEQITQHGGPYGRCANKTRALTVAELRGSGDLQEYLRHVTRGWSIFALYDGTYLGGEYGGVIKDGTPGGAFDLKTTFCIMTTRNTGQPATDHYYSNVTATRLLSSTNSRLCAVFVRSGQPVIGACTSPYDGKYWSMYSRLRKMLYLIYVAGISVRVHVSKEEQYYDYEDATFETYALTGISICNPGSSLC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

Entity 3 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 3
分子量 formula_weight	21889.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VAPGIVIPPKALFTQQGGAYGRCPNGTRALTVAELRGNAELQTYLRQITPGWSIYGLYDGTYLGQAYGGIIKDAPPGAGFIYRETFCITTIYKTGQPAADHYYSKVTATRLLASTNSRLCAVFVRDGQSVIGACASPYEGRYRDMYDALRRLLYMIYMSGLAVRVHVSKEEQYYDYEDATFQTYALTGISLCNPAASIC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

Entity 4 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 4
分子量 formula_weight	12072.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

DVPYVLVKTNMVVTSVAMKPYEVTPTRMLVCGIAAKLGAAASSPDAHVPFCFGKDLKRPGSSPMEVMLRAVFMQQRPLRMFLGPKQLTFEGKPALELIRMVECSGKQDCP

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

Entity 5 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 5
分子量 formula_weight	10951.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GLPTHLYKNFTVQELALKLKGKNQEFCLTAFMSGRSLVRACLSDAGHEHDTWFDTMLGFAISAYALKSRIALTVEDSPYPGTPGDLLELQICPLNGYCE

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

Entity 6 polymer

描述 description	hu1B7 Fab light chain
分子量 formula_weight	23137.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

QIVLTQSPATLSVSPGERVTLTCSASSSVSFMYWYQQKPGRAPKPLIYLTSNLPSGVPARFSGSGSGTSYTLTINSLEAEDAATYYCQQWSSHPPTFGSGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	hu1B7 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23868.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYKFTSYWMHWVRQAPGQGLEWIGNIFPGSGSTNYAQKFQGRVTLTVDTSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCTRWLSGAYFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 polymer

描述 description	hu11E6 Fab light chain
分子量 formula_weight	23422.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

DIVMTQSPSSLSASVGDRVTISCRASQDIDNYLSWFQQKPGGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDIATYFCQQGNTFPWTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 9 polymer

描述 description	hu11E6 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24733.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

EVQVVESGGGLVQPGRSLRLSCTTSGFTFTDYYVSWVRQAPGKALEWLGFIRNKVNGYTTEFSSSVKGRFTISRDNSKSILYLQMNSLKIEDTAVYYCARVSYYGRGWYFDYWGQGTTLTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	316937

fit	/app/data/saxs_computation/mr/9mr7/9mr7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mr/9mr7/9mr7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mr/9mr7/9mr7.dat

Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)