SAXSdb — 9ms8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein patched homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–618 链 A； UniProt 721–1188	未记录	6H3 Fab light chain × 1 6H3 Fab heavy chain × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MS8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6DMB Cryo-EM structure of human Ptch1 提交 2018-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1305（1305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6DMO Cryo-EM structure of human Ptch1 with three mutations L282Q/T500F/P504L 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1305（1305 aa）	突变：L282Q, T500F, P504L	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6DMY Cryo-EM structure of human Ptch1 and ShhN complex 提交 2018-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1305（1305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6E1H Structure of 2:1 human Ptch1-Shh-N complex 提交 2018-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1447（1447 aa）链 B 1–1447（1447 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 3.50 Å
6N7G Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form I) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1305（1305 aa）链 B 1–1305（1305 aa）链 D 1–1305（1305 aa）链 E 1–1305（1305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
6N7H Cryo-EM structure of the 2:1 hPtch1-Shhp complex 提交 2018-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1305（1305 aa）链 B 1–1305（1305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CLR CHOLESTEROL × 5 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6N7K Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form II) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1305（1305 aa）链 B 1–1305（1305 aa）链 D 1–1305（1305 aa）链 E 1–1305（1305 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
6OEU Structure of human Patched1 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1447（1447 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 3.50 Å
6OEV Structure of human Patched1 in complex with native Sonic Hedgehog 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1447（1447 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 3.80 Å
6RMG Structure of PTCH1 bound to a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II 提交 2019-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1189（1189 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 11 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6RTW Crystal structure of the Patched-1 (PTCH1) ectodomain in complex with nanobody NB64 and cholesterol-hemisuccinate 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 136–423（288 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 0.03 M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide), 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
6RTX Crystal structure of the Patched-1 (PTCH1) ectodomain 1 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 139–428（290 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 0.03M of each ethylene glycol (diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol and pentaethyleneglycol), 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
6RTY Crystal structure of the Patched ectodomain in complex with nanobody NB64 提交 2019-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 136–423（288 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 0.02M of each amino acid (L-glutamate, alanine, glycine, lysine, serine), 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 772–1023（252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 772–1023（252 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
6RVC Crystal structure of Patched-1 ectodomain 2 (PTCH1-ECD2) in complex with nanobody 75 提交 2019-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 772–1023（252 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
6RVD Revised cryo-EM structure of the human 2:1 Ptch1-Shh complex 提交 2019-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1447（1447 aa）链 B 1–1447（1447 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.06% Digitonin, 1mM CaCl2. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–618； UniProt 1–618 作者链 A； PDB构建体 619–1086； UniProt 721–1188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ms8
沉积日期 deposition_date	2025-01-09
结构标题 title	PTCH1 in complex with Fab6H3
关键词 keywords	PTCH1, Antibody, hedgehog signaling, cryo-EM, membrane protein., MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.09 Å
零角强度 I(0) i0	241164000.00
分子量 molecular_weight	131750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167040 Å³
包络体积 envelope_volume	221520 Å³
水化壳体积 shell_volume	48421 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.29 Å
包络 Rg envelope_rg	39.09 Å
形状 Rg shape_rg	39.05 Å
总 Rg total_rg	39.51 Å
总原子数 total_atoms	9290
残基数 n_residues	1189
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	241100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8727
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.342
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.624

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein patched homolog 1
分子量 formula_weight	122175.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9290

MASAGNAAEPQDRGGGGSGCIGAPGRPAGGGRRRRTGGLRRAAAPDRDYLHRPSYCDAAFALEQISKGKATGRKAPLWLRAKFQRLLFKLGCYIQKNCGKFLVVGLLIFGAFAVGLKAANLETNVEELWVEVGGRVSRELNYTRQKIGEEAMFNPQLMIQTPKEEGANVLTTEALLQHLDSALQASRVHVYMYNRQWKLEHLCYKSGELITETGYMDQIIEYLYPCLIITPLDCFWEGAKLQSGTAYLLGKPPLRWTNFDPLEFLEELKKINYQVDSWEEMLNKAEVGHGYMDRPCLNPADPDCPATAPNKNSTKPLDMALVLNGGCHGLSRKYMHWQEELIVGGTVKNSTGKLVSAHALQTMFQLMTPKQMYEHFKGYEYVSHINWNEDKAAAILEAWQRTYVEVVHQSVAQNSTQKVLSFTTTTLDDILKSFSDVSVIRVASGYLLMLAYACLTMLRWDCSKSQGAVGLAGVLLVALSVAAGLGLCSLIGISFNAATTQVLPFLALGVGVDDVFLLAHAFSETGQNKRIPFEDRTGECLKRTGASVALTSISNVTAFFMAALIPIPALRAFSLQAAVVVVFNFAMVLLIFPAILSMDLYRREDRRLDIFCCFTSPCHCLEPPCTKWTLSSFAEKHYAPFLLKPKAKVVVIFLFLGLLGVSLYGTTRVRDGLDLTDIVPRETREYDFIAAQFKYFSFYNMYIVTQKADYPNIQHLLYDLHRSFSNVKYVMLEENKQLPKMWLHYFRDWLQGLQDAFDSDWETGKIMPNNYKNGSDDGVLAYKLLVQTGSRDKPIDISQLTKQRLVDADGIINPSAFYIYLTAWVSNDPVAYAASQANIRPHRPEWVHDKADYMPETRLRIPAAEPIEYAQFPFYLNGLRDTSDFVEAIEKVRTICSNYTSLGLSSYPNGYPFLFWEQYIGLRHWLLLFISVVLACTFLVCAVFLLNPWTAGIIVMVLALMTVELFGMMGLIGIKLSAVPVVILIASVGIGVEFTVHVALAFLTAIGDKNRRAVLALEHMFAPVLDGAVSTLLGVLMLAGSEFDFIVRYFFAVLAILTILGVLNGLVLLPVLLSFFGPYPEVSPANDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	6H3 Fab light chain
分子量 formula_weight	10968.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

VLTQSPAIMSASLGERVTLTCTASSSVTSSYLHWYQQKPGSSPKLWIYSTSNLPFGVSPRFSGSGSGTSFSLTISSMEAEDAATYYCHQFHRSPYTFGGGTK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	6H3 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	12267.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVKPGGSRKLSCVASGFTLSDYGMHWVRQAPEKGLEWVAYIGSDSYTIYHADTMKGRFTISRDNAKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCGRNYGMDYWGQGTS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	258693

fit	/app/data/saxs_computation/ms/9ms8/9ms8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/9ms8/9ms8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/9ms8/9ms8.dat

PTCH1 in complex with Fab6H3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein patched homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)