SAXSdb — 9my8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig-like domain-containing protein

Lama glama

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 23–236	未记录	Anti-Nb Fab Heavy chain × 1 D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D × 1 Glycoprotein D × 1 （Q5ICU7）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9MY8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1L7I Crystal Structure of the anti-ErbB2 Fab2C4 提交 2002-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–236（214 aa）片段：light chain (residues 1-214)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；35%-45% saturated (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
5VL7 PCSK9 complex with Fab33 提交 2017-04-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–236（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；potassium sodium phosphate	分辨率 3.50 Å R-free 0.245
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 130–235（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details	分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 130–235（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details	分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VSI CH1/Ckappa Fab mutant 15.1 提交 2017-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 130–235（106 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication	分辨率 1.51 Å R-free 0.227
6BGT Structure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracellular domain 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 127–236（110 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 18% PEG3350, 10% glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6MH2 Structure of Herceptin Fab without antigen 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 127–236（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 25% v/v PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.306
6MH2 Structure of Herceptin Fab without antigen 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 127–236（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 25% v/v PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.306
6MXR Crystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98M,HC-G99M] 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 127–236（110 aa）链 L 127–236（110 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.6；295 K；0.1 M tris-sodium citrate, pH 5.6, 11% PEG4000, 8% isopropanol	分辨率 2.04 Å R-free 0.200
6MXS Crystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98F,HC-G99M] 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 127–236（110 aa）链 L 127–236（110 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.6；295 K；0.1 M tri-sodium citrate, pH 5.6, 12% PEG4000, 10% isopropanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
6MY4 Crystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98M,HC-G99M,LC-S30bR] 提交 2018-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 127–236（110 aa）链 L 127–236（110 aa）	突变：S30bR,S30bR 突变：S30bR,S30bR	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；295 K；0.05 M imidazole, pH 8.0, 18% PEG6000	分辨率 1.69 Å R-free 0.230
6MY5 Crystal structure of the dimeric bH1-Fab variant [HC-Y33W,HC-D98F,HC-G99M,LC-S30bR] 提交 2018-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 127–236（110 aa）链 L 127–236（110 aa）	突变：S30bR,S30bR 突变：S30bR,S30bR	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；295 K；0.04 M imidazole, pH 8.0, 21% PEG6000	分辨率 1.73 Å R-free 0.229
6U1N GPCR-Beta arrestin structure in lipid bilayer 提交 2019-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–236（110 aa）	未记录	2CU 3-amino-5-chloro-N-cyclopropyl-4-methyl-6-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-2-oxoethoxy]thieno[2,3-b]pyridine-2-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7ZLG Cryo-EM structure of C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with acceptor peptide and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody 提交 2022-04-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 23–236（214 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.72 Å
7ZLI Cryo-EM structure of C-mannosyltransferase CeDPY19, in complex with Dol25-P-Man and bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody 提交 2022-04-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 23–236（214 aa）	未记录	IZY Dolichol monophosphate beta-D-Mannose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.99 Å
7ZLJ Cryo-EM structure of C-mannosyltransferase CeDPY19, in ternary complex with Dol25-P-C-Man and acceptor peptide, bound to CMT2-Fab and anti-Fab nanobody 提交 2022-04-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 23–236（214 aa）	未记录	IZU [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[(3~{S},6~{E},10~{Z},14~{E})-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraenoxy]phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.63 Å
9BDG Influenza A virus Hemagglutinin H3/Darwin/6/2021 in complex with Fab ADI-85647 提交 2024-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 23–236（214 aa）链 H 23–236（214 aa）链 I 23–236（214 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å

共 15 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7Z3Y4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–214； UniProt 23–236

Glycoprotein D

Human herpesvirus 2

UniProt Q5ICU7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 26–330	未记录	Anti-Nb Fab Heavy chain × 1 Ig-like domain-containing protein × 1 （Q7Z3Y4） D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ICU7_HHV2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–305； UniProt 26–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9my8
沉积日期 deposition_date	2025-01-21
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	D7 Herpes Virus Simplex Neutralizing Nanobody Bound to HSV Glycoprotein gD
关键词 keywords	Neutralizing Antibody, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.90 Å
零角强度 I(0) i0	109812000.00
分子量 molecular_weight	83922.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104950 Å³
包络体积 envelope_volume	139770 Å³
水化壳体积 shell_volume	35335 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.20 Å
包络 Rg envelope_rg	34.60 Å
形状 Rg shape_rg	34.85 Å
总 Rg total_rg	35.35 Å
总原子数 total_atoms	5914
残基数 n_residues	771
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	109800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8462
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.705

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Anti-Nb Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	26328.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	7403

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSYYSIHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSSYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGYQYWQYHASWYWNGGLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ig-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	23171.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	D7 Neutralizing Nanobody against HSV Glycoprotein D
分子量 formula_weight	13588.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCSASGSIPSIWIMYWYRQAPGKGRELVAQITNFGTTVYADSVKGRFTISSDASKNTVYLQMNSLRAEDTAVYYCNLDVTLGPSRGAYWGKGTPVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Glycoprotein D
分子量 formula_weight	36577.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KYALADPSLKMADPNRFRGKNLPVLDQLTDPPGVKRVYHIQPSLEDPFQPPSIPITVYYAVLERACRSVLLHAPSEAPQIVRGASDEARKHTYNLTIAWYRMGDNCAIPITVMEYTECPYNKSLGVCPIRTQPRWSYYDSFSAVSEDNLGFLMHAPAFETAGTYLRLVKINDWTEITQFILEHRARASCKYALPLRIPPAACLTSKAYQQGVTVDSIGMLPRFIPENQRTVALYSLKIAGWHGPKPPYTSTLLPPELSDTTNATQPELVPEDPEDSALLEDPAGTVSSQIPPNWHIPSIQDVAPHGGGSHHHHHHHHGSDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 2
通用名 common_name	HHV-2, Human herpes simplex virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10310
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1489

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	228770

fit	/app/data/saxs_computation/my/9my8/9my8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/my/9my8/9my8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/my/9my8/9my8.dat

D7 Herpes Virus Simplex Neutralizing Nanobody Bound to HSV Glycoprotein gD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig-like domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycoprotein D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)