SAXSdb — 9n06

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Estrogen receptor

Melanotaenia fluviatilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 310–553 链 B； UniProt 310–553	未记录	GOL GLYCEROL × 1 2OH 4,4'-PROPANE-2,2-DIYLDIPHENOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；4% v/v tacsimate pH 5, 12% PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9N06	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9D8Q Crystal structure of Estrogen Receptor alpha from Melanotaenia fluviatilis bound to estradiol and human SRC2 peptide 提交 2024-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 310–553（244 aa）	未记录	EST ESTRADIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；9-10% Tacsimate pH 7.0, 22% PEG3000	分辨率 2.75 Å R-free 0.261
9MDV Apo form of the estrogen receptor alpha ligand binding domain of Melanotaenia fluviatilis 提交 2024-12-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M PIPES pH 7, 22% PEG 2000 MME	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
9N03 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol AF 提交 2025-01-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	0CZ 4,4'-(1,1,1,3,3,3-hexafluoropropane-2,2-diyl)diphenol × 3 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M sodium malonate pH 4, 12% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
9N0A Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol AP 提交 2025-01-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	A1BUG 4,4'-(1-phenylethane-1,1-diyl)diphenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；12% PEG 3350, 0.1 M sodium malonate pH 5	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
9N0C Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol BPBP 提交 2025-01-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	A1BVI 4,4'-(diphenylmethylene)diphenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.47 Å R-free 0.266
9N24 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol B 提交 2025-01-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	H3W bisphenol-B × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M sodium malonate pH 4, 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
9N25 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol Z 提交 2025-01-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	BPZ 4,4'-cyclohexane-1,1-diyldiphenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；4% v/v tacsimate pH 5, 12% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.232
9N27 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol TMC 提交 2025-01-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）链 B 310–553（244 aa）	未记录	A1BVK (2~5~S)-2~3~,2~3~,2~5~-trimethyl-2~3~,2~4~,2~5~,2~6~-tetrahydro-2~2~H-[1~1~,2~1~:2~1~,3~1~-terphenyl]-1~4~,3~4~-diol × 4 A1BWR (2~5~R)-2~3~,2~3~,2~5~-trimethyl-2~3~,2~4~,2~5~,2~6~-tetrahydro-2~2~H-[1~1~,2~1~:2~1~,3~1~-terphenyl]-1~4~,3~4~-diol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；12% PEG 3350, 0.1 M sodium malonate pH 5	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9N28 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with estradiol and D22 13mer 提交 2025-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）	未记录	EST ESTRADIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.01M iron (III) chloride hexahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 10% Jeffamine M-600	分辨率 2.10 Å R-free 0.268
9N2J Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with estradiol 提交 2025-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 310–553（244 aa）	未记录	EST ESTRADIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；10-14% PEG 3350, 0.1 M ammonium citrate tribasic	分辨率 2.90 Å R-free 0.318

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D6N7U3_MELFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–251； UniProt 310–553 作者链 B； PDB构建体 8–251； UniProt 310–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n06
沉积日期 deposition_date	2025-01-23
最后修订 last_revision	2026-01-28
结构标题 title	Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol A
关键词 keywords	ligand binding domain, transcription factor, endocrine disrupting compound, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.78 Å
零角强度 I(0) i0	46018200.00
分子量 molecular_weight	54298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68645 Å³
包络体积 envelope_volume	78422 Å³
水化壳体积 shell_volume	28909 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.52 Å
包络 Rg envelope_rg	21.83 Å
形状 Rg shape_rg	21.78 Å
总 Rg total_rg	22.68 Å
总原子数 total_atoms	3798
残基数 n_residues	480
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8268
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.069
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.503
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Estrogen receptor
分子量 formula_weight	28714.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3938

MHHHHHHMPPEQVLILLQGAEPPILCSRQKLSRPYTEVTMMTLLTSMADKELVHMIAWAKKLPGFLQLSLHDQVLLLESSWLEVLMIGLIWRSIHCPGKLIFAQDLILDRNEGDCVEGMTEIFDMLLATASRFRLLKLKPEEFLCLKAIILLNSGAFSFCTGTMEPLHDSTAVQNMLDTITDALIHHISQSGYSAQQQARRQAQLLLLLSHIRHMSNKGMEHLYSMKCKNKVPLYDLLLEMLDAHHLHQPV

来源 Source

来源生物 organism	Melanotaenia fluviatilis
通用名 common_name	Murray River rainbowfish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	120844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4,4'-PROPANE-2,2-DIYLDIPHENOL
分子量 formula_weight	228.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.569 Å
晶胞边长 b length_b	111.569 Å
晶胞边长 c length_c	99.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	36.520 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.1966

fit	/app/data/saxs_computation/n0/9n06/9n06.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n0/9n06/9n06.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n0/9n06/9n06.dat

Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Estrogen receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction