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9n0c

Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol BPBP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Estrogen receptor

Melanotaenia fluviatilis

UniProt D6N7U3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 310–553 链 B； UniProt 310–553 未记录 A1BVI 4,4'-(diphenylmethylene)diphenol × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate tribasic dihydrate 分辨率 1.47 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9N0C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9D8Q Crystal structure of Estrogen Receptor alpha from Melanotaenia fluviatilis bound to estradiol and human SRC2 peptide 提交 2024-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 310–553（244 aa）
未记录 EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；9-10% Tacsimate pH 7.0, 22% PEG3000
分辨率 2.75 Å R-free 0.261
9MDV Apo form of the estrogen receptor alpha ligand binding domain of Melanotaenia fluviatilis 提交 2024-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M PIPES pH 7, 22% PEG 2000 MME
分辨率 2.00 Å R-free 0.286
9N03 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol AF 提交 2025-01-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 0CZ 4,4'-(1,1,1,3,3,3-hexafluoropropane-2,2-diyl)diphenol × 3 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M sodium malonate pH 4, 12% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
9N06 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol A 提交 2025-01-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 2OH 4,4'-PROPANE-2,2-DIYLDIPHENOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；4% v/v tacsimate pH 5, 12% PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
9N0A Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol AP 提交 2025-01-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 A1BUG 4,4'-(1-phenylethane-1,1-diyl)diphenol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；12% PEG 3350, 0.1 M sodium malonate pH 5
分辨率 2.50 Å R-free 0.261
9N24 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol B 提交 2025-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 H3W bisphenol-B × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.2 M sodium malonate pH 4, 20% PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.261
9N25 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol Z 提交 2025-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 BPZ 4,4'-cyclohexane-1,1-diyldiphenol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；4% v/v tacsimate pH 5, 12% PEG3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.232
9N27 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol TMC 提交 2025-01-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
链 B 310–553（244 aa）
未记录 A1BVK (2~5~S)-2~3~,2~3~,2~5~-trimethyl-2~3~,2~4~,2~5~,2~6~-tetrahydro-2~2~H-[1~1~,2~1~:2~1~,3~1~-terphenyl]-1~4~,3~4~-diol × 4 A1BWR (2~5~R)-2~3~,2~3~,2~5~-trimethyl-2~3~,2~4~,2~5~,2~6~-tetrahydro-2~2~H-[1~1~,2~1~:2~1~,3~1~-terphenyl]-1~4~,3~4~-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；12% PEG 3350, 0.1 M sodium malonate pH 5
分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9N28 Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with estradiol and D22 13mer 提交 2025-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
未记录 EST ESTRADIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.01M iron (III) chloride hexahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 10% Jeffamine M-600
分辨率 2.10 Å R-free 0.268
9N2J Crystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with estradiol 提交 2025-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 310–553（244 aa）
未记录 EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；10-14% PEG 3350, 0.1 M ammonium citrate tribasic
分辨率 2.90 Å R-free 0.318

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 D6N7U3_MELFL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–251； UniProt 310–553 作者链 B； PDB构建体 8–251； UniProt 310–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9n0c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9n0c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9n0c
沉积日期 deposition_date2025-01-24
最后修订 last_revision2026-01-28
结构标题 titleCrystal structure of Melanotaenia fluviatilis estrogen receptor alpha ligand binding domain complexed with Bisphenol BPBP
关键词 keywordsligand binding domain, transcription factor, endocrine disrupting compound, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.79 Å
零角强度 I(0) i084426400.00
分子量 molecular_weight48776.0 kDa
排除体积 excluded_volume47461 ų
包络体积 envelope_volume76447 ų
水化壳体积 shell_volume28307 ų
包络直径 envelope_diameter72.3 Å
壳层 Rg shell_rg29.33 Å
包络 Rg envelope_rg21.80 Å
形状 Rg shape_rg21.76 Å
总 Rg total_rg22.47 Å
总原子数 total_atoms3677
残基数 n_residues467
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.8 Å
Rg (实空间) rg_real22.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84430000.0000
解质量估计 total_estimate0.6239
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1 Å
偏度 Skewness skewness0.086
峰度 Kurtosis kurtosis-0.500
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17700000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)