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1B12
CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
提交 1999-11-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
77–324(248 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
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未记录
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1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.6;pH 4.6
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分辨率 1.95 Å
R-free 0.246
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1B12
CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
提交 1999-11-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
77–324(248 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
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未记录
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1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.6;pH 4.6
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分辨率 1.95 Å
R-free 0.246
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1B12
CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
提交 1999-11-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 C
77–324(248 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
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未记录
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1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.6;pH 4.6
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分辨率 1.95 Å
R-free 0.246
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1B12
CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
提交 1999-11-24
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 D
77–324(248 aa)
片段:CATALYTIC DOMAIN
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未记录
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1PN prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.6;pH 4.6
|
分辨率 1.95 Å
R-free 0.246
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1KN9
CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM.
提交 2001-12-18
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
77–324(248 aa)
片段:Residues 76-323, plus initiating methionine
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;295 K;ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.278
|
|
1KN9
CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM.
提交 2001-12-18
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 B
77–324(248 aa)
片段:Residues 76-323, plus initiating methionine
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;295 K;ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.278
|
|
1KN9
CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM.
提交 2001-12-18
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 3
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 C
77–324(248 aa)
片段:Residues 76-323, plus initiating methionine
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;295 K;ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.278
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1KN9
CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL SIGNAL PEPTIDASE APO-ENZYME, IMPLICATIONS FOR SIGNAL PEPTIDE BINDING AND THE SER-LYS DYAD MECHANISM.
提交 2001-12-18
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 D
77–324(248 aa)
片段:Residues 76-323, plus initiating methionine
|
未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.4;295 K;ammonium dihydrogen phosphate, sodium citrate, Triton X-100, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.40 Å
R-free 0.278
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1T7D
Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with a lipopeptide inhibitor
提交 2004-05-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
76–324(249 aa)
片段:RESIDUES 76-324
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未记录
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M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;0.5% TRITON X-100, 15% PEG 4000, 20% PROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
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分辨率 2.47 Å
R-free 0.283
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1T7D
Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with a lipopeptide inhibitor
提交 2004-05-09
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
76–324(249 aa)
片段:RESIDUES 76-324
|
未记录
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M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6;0.5% TRITON X-100, 15% PEG 4000, 20% PROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
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分辨率 2.47 Å
R-free 0.283
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3IIQ
Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor
提交 2009-08-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
77–324(248 aa)
片段:UNP RESIDUES 76-323, PERIPLASMIC DOMAIN
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未记录
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JZA 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1
TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1
M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.2M NH4 FORMATE, 25% PEG 2000, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5, AND 5% TERTIARY-AMYL ALCOHOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K
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分辨率 2.00 Å
R-free 0.250
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3IIQ
Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor
提交 2009-08-03
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
77–324(248 aa)
片段:UNP RESIDUES 76-323, PERIPLASMIC DOMAIN
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未记录
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JZA 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1
TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1
GOL GLYCEROL × 4
CCN ACETONITRILE × 2
M12 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;0.2M NH4 FORMATE, 25% PEG 2000, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5, AND 5% TERTIARY-AMYL ALCOHOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 291K
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分辨率 2.00 Å
R-free 0.250
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3S04
Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic
提交 2011-05-13
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构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 A
76–324(249 aa)
片段:Periplasmic domain, UNP residues 76-323
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未记录
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02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 1
RAM alpha-L-rhamnopyranose × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;293 K;22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.44 Å
R-free 0.265
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3S04
Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic
提交 2011-05-13
|
构建体不同
突变/修饰不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 2
PDB 声明:dimeric
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链 B
76–324(249 aa)
片段:Periplasmic domain, UNP residues 76-323
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未记录
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02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 1
RAM alpha-L-rhamnopyranose × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;293 K;22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.44 Å
R-free 0.265
|
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3S04
Crystal structure of Escherichia coli type I signal peptidase in complex with an Arylomycin Lipoglycopeptide Antibiotic
提交 2011-05-13
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 4
PDB 声明:tetrameric
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链 A
76–324(249 aa)
片段:Periplasmic domain, UNP residues 76-323
链 B
76–324(249 aa)
片段:Periplasmic domain, UNP residues 76-323
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未记录
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02U 14-methylhexadec-9-enoic acid × 2
RAM alpha-L-rhamnopyranose × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.4;293 K;22% PEG 4000, 0.2M KCl, 0.025M n-dodecyl beta-D-maltoside (DDM), pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.44 Å
R-free 0.265
|
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6B88
E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)
提交 2017-10-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 A
78–324(247 aa)
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未记录
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CZD (8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 4.5;292 K;30% PEG 300, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5
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分辨率 2.41 Å
R-free 0.265
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6B88
E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)
提交 2017-10-05
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
|
链 B
78–324(247 aa)
|
未记录
|
CZD (8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide × 1
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 4.5;292 K;30% PEG 300, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5
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分辨率 2.41 Å
R-free 0.265
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