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9nn6

E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 82.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin I receptor

Escherichia coli

UniProt P17315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 32–663 突变：W307M, L312M, F558M, V560M Colicin-V × 1 （P22522） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Phosphate Buffered Saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force +5 Wait time 0 Blot total 1 Blot time 5 seconds 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9NN6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HDF Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli 提交 2006-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 26–663（638 aa） 片段：Colicin I receptor
突变：W338M, L343M, F589M, V591M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SR STRONTIUM ION × 1 OES N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；7-8 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.001M EDTA, 0.3M NACL, 1% N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M TRIS PH7.5, 0.02-0.05M SRCL2, 5% ISOPROPANOL, 32-40 % PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.65 Å R-free 0.291
2HDI Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in complex with receptor binding domain of Colicin Ia. 提交 2006-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–663（638 aa） 片段：Colicin I receptor
突变：W338M, L343M, F589M, V591M LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；9 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.2M NACL, 0.05% LDAO, 0.45% C8E4, 3% HEPTANETRIOL MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M MES PH6.2, 10% GLYCEROL, 22% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.50 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CIRA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–632； UniProt 32–663

Colicin-V

Enterobacteriaceae

UniProt P22522

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 72–103 未记录 Colicin I receptor × 1 （P17315） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；Phosphate Buffered Saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Blot force +5 Wait time 0 Blot total 1 Blot time 5 seconds 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CEAV_ECOLX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–32； UniProt 72–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nn6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nn6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nn6
沉积日期 deposition_date2025-03-05
结构标题 titleE. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V
关键词 keywordsTonB-dependent receptor, beta barrel, antimicrobial protein, MccV, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.20 Å
零角强度 I(0) i096094700.00
分子量 molecular_weight74043.0 kDa
排除体积 excluded_volume91348 ų
包络体积 envelope_volume114060 ų
水化壳体积 shell_volume36372 ų
包络直径 envelope_diameter87.2 Å
壳层 Rg shell_rg33.96 Å
包络 Rg envelope_rg25.36 Å
形状 Rg shape_rg25.22 Å
总 Rg total_rg26.02 Å
总原子数 total_atoms5224
残基数 n_residues664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.9 Å
Rg (实空间) rg_real25.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal96100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8805
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.0 Å
偏度 Skewness skewness0.192
峰度 Kurtosis kurtosis-0.301
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22580000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.944
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)