9o3b

PKM2 bound to MCTI-566

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 212.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o3b
沉积日期 deposition_date	2025-04-07
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	PKM2 bound to MCTI-566
关键词 keywords	activator, pyruvate kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.57 Å
零角强度 I(0) i0	5475640000.00
分子量 molecular_weight	406600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	390360 Å³
包络体积 envelope_volume	753540 Å³
水化壳体积 shell_volume	104590 Å³
包络直径 envelope_diameter	211.9 Å
壳层 Rg shell_rg	59.23 Å
包络 Rg envelope_rg	60.79 Å
形状 Rg shape_rg	61.61 Å
总 Rg total_rg	61.47 Å
总原子数 total_atoms	30874
残基数 n_residues	4095
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	212.2 Å
Rg (实空间) rg_real	61.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4760e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0630e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5468000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8345
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.444
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	174600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.505

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate kinase PKM
分子量 formula_weight	60050.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.40
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	32262

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSMSKPHSEAGTAFIQTQQLHAAMADTFLEHMCRLDIDSPPITARNTGIICTIGPASRSVETLKEMIKSGMNVARLNFSHGTHEYHAETIKNVRTATESFASDPILYRPVAVALDTKGPEIRTGLIKGSGTAEVELKKGATLKITLDNAYMEKCDENILWLDYKNICKVVEVGSKIYVDDGLISLQVKQKGADFLVTEVENGGSLGSKKGVNLPGAAVDLPAVSEKDIQDLKFGVEQDVDMVFASFIRKASDVHEVRKVLGEKGKNIKIISKIENHEGVRRFDEILEASDGIMVARGDLGIEIPAEKVFLAQKMMIGRCNRAGKPVICATQMLESMIKKPRPTRAEGSDVANAVLDGADCIMLSGETAKGDYPLEAVRMQHLIAREAEAAIYHLQLFEELRRLAPITSDPTEATAVGAVEASFKCCSGAIIVLTKSGRSAHQVARYRPRAPIIAVTRNPQTARQAHLYRGIFPVLCKDPVQEAWAEDVDLRVNFAMNVGKARGFFKKGDVVIVLTGWRPGSGFTNTMRVVPVP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	340.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXALATE ION
分子量 formula_weight	88.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	7-[(dimethylamino)methyl]-8-fluoro-5-methyl-3-[(6-methylpyridin-2-yl)methyl]-3,5-dihydro-4H-pyridazino[4,5-b]indol-4-one
分子量 formula_weight	379.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1172

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.807 Å
晶胞边长 b length_b	93.855 Å
晶胞边长 c length_c	153.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	75.79 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.416 Å
最低分辨率 resolution_low	45.490 Å
R 因子 r_factor	0.1878
R_work r_work	0.1858
R_free r_free	0.2263

fit	/app/data/saxs_computation/o3/9o3b/9o3b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o3/9o3b/9o3b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o3/9o3b/9o3b.dat