9o3u

Crystal Structure of K109A Variant of D-Dopachrome Tautomerase (D-DT)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o3u
沉积日期 deposition_date	2025-04-07
最后修订 last_revision	2026-05-06
结构标题 title	Crystal Structure of K109A Variant of D-Dopachrome Tautomerase (D-DT)
关键词 keywords	DDT variant, keto-to-enol tautomerization, DDT mutant, tautomerization, enzymatic activity, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.70 Å
零角强度 I(0) i0	327501000.00
分子量 molecular_weight	149420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	188360 Å³
包络体积 envelope_volume	238120 Å³
水化壳体积 shell_volume	54370 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.5 Å
壳层 Rg shell_rg	43.04 Å
包络 Rg envelope_rg	35.29 Å
形状 Rg shape_rg	35.68 Å
总 Rg total_rg	36.25 Å
总原子数 total_atoms	10515
残基数 n_residues	1404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	327500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69740000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.795

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	D-dopachrome decarboxylase
分子量 formula_weight	12535.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.84
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC,DDD,EEE,FFF,GGG,HHH,III,JJJ,KKK,LLL
原子数 atom_count	12168

PFLELDTNLPANRVPAGLEKRLCAAAASILGKPADRVNVTVRPGLAMALSGSTEPCAQLSISSIGVVGTAEDNRSHSAHFFEFLTKELALGQDRILIRFFPLESWQIGAIGTVMTFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1487

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.723 Å
晶胞边长 b length_b	94.450 Å
晶胞边长 c length_c	95.253 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	72.163 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1848
R_free r_free	0.2165

fit	/app/data/saxs_computation/o3/9o3u/9o3u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o3/9o3u/9o3u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o3/9o3u/9o3u.dat

Crystal Structure of K109A Variant of D-Dopachrome Tautomerase (D-DT)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction