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9o7p

Crystal structure of human adenosine kinase (ADK) in complex with inhibitor BKI-1817

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Adenosine kinase

Homo sapiens

UniProt P55263

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–345 未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 15 A1B96 (6M)-6-{4-amino-1-[(1-methylpiperidin-4-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}quinolin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M Citrate pH 4.0. HosaA.19365.a.VZ21.PC00201 at 18 mg/mL. Cocrystallization with 2mM inhibitor. plate 14484 A12 drop 2, Puck: PSL1601, Cryo: 2.5M lithium sulfate 分辨率 2.51 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9O7P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BX4 STRUCTURE OF HUMAN ADENOSINE KINASE AT 1.50 ANGSTROMS 提交 1998-10-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–345（345 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ADN ADENOSINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；20%PEG 4K, 0.16M MGCL2, 0.1M TRIS, PH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.226
4O1L Human Adenosine Kinase in complex with inhibitor 提交 2013-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–362（346 aa） 片段：UNP residues 17-362
链 B 17–362（346 aa） 片段：UNP residues 17-362
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 HO4 5-ethynyl-7-(beta-D-ribofuranosyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.263
4O1L Human Adenosine Kinase in complex with inhibitor 提交 2013-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–362（346 aa） 片段：UNP residues 17-362
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 HO4 5-ethynyl-7-(beta-D-ribofuranosyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.263
4O1L Human Adenosine Kinase in complex with inhibitor 提交 2013-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 17–362（346 aa） 片段：UNP residues 17-362
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 HO4 5-ethynyl-7-(beta-D-ribofuranosyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.263
9O7Q Crystal structure of human adenosine kinase (ADK) in complex with inhibitor BKI-1676 提交 2025-04-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–345（345 aa）
未记录 A1B95 1-[(3P)-3-[6-(cyclopropyloxy)naphthalen-2-yl]-4-(methylamino)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-2-methylpropan-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 13 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M Citrate pH 4.0. HosaA.19365.a.VZ21.PC00201 at 18 mg/mL. Cocrystallization with 2mM inhibitor. plate 14484 A12/A8 drop 2, Puck: PSL1512, Cryo: 2.5M lithium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.265
9O7R Crystal structure of human adenosine kinase (ADK) in complex with inhibitor BKI-1553 提交 2025-04-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–345（345 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 5 UW5 1-{4-amino-3-[6-(cyclopropyloxy)naphthalen-2-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl}-2-methylpropan-2-ol × 1 SO4 SULFATE ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M Citrate pH 4.0. HosaA.19365.a.VZ21.PC00201 at 18 mg/mL. Cocrystallization with 2mM inhibitor. plate 14484 A12 drop 2, Puck: PSL1502, Cryo: 2.5M lithium sulfate
分辨率 2.41 Å R-free 0.258

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADK_HUMAN
Isoform P55263-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 121–465； UniProt 1–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9o7p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9o7p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9o7p
沉积日期 deposition_date2025-04-15
最后修订 last_revision2026-05-06
结构标题 titleCrystal structure of human adenosine kinase (ADK) in complex with inhibitor BKI-1817
关键词 keywords;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, adenosine kinase (ADK), inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.80 Å
零角强度 I(0) i052682800.00
分子量 molecular_weight36966.0 kDa
排除体积 excluded_volume35234 ų
包络体积 envelope_volume57377 ų
水化壳体积 shell_volume23534 ų
包络直径 envelope_diameter67.0 Å
壳层 Rg shell_rg26.91 Å
包络 Rg envelope_rg20.08 Å
形状 Rg shape_rg19.74 Å
总 Rg total_rg20.53 Å
总原子数 total_atoms2762
残基数 n_residues339
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52680000.0000
解质量估计 total_estimate0.8098
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3 Å
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16890000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)