9o8x

Cryo structure of human carbonic anhydrase IX mimic in complex with vorinostat (drug soak)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 突变:A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A ZN ZINC ION × 1 SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;293.15 K;50 mM Tris HCl pH 8.0, 1.25 M Sodium citrate 分辨率 1.40 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9o8x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9o8x
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9o8x
沉积日期 deposition_date2025-04-17
最后修订 last_revision2025-10-08
结构标题 titleCryo structure of human carbonic anhydrase IX mimic in complex with vorinostat (drug soak)
关键词 keywordsCarbonic Anhydrase, Inhibitor Complex, Zinc Binding Protein, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.34
零角强度 I(0) i014914600.00
分子量 molecular_weight29360.0 kDa
排除体积 excluded_volume36851 ų
包络体积 envelope_volume40948 ų
水化壳体积 shell_volume19156 ų
包络直径 envelope_diameter60.8
壳层 Rg shell_rg24.09
包络 Rg envelope_rg17.73
形状 Rg shape_rg17.32
总 Rg total_rg18.43
总原子数 total_atoms2078
残基数 n_residues258
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.3
Rg (实空间) rg_real18.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real1.4910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14910000.0000
解质量估计 total_estimate0.8898
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.069
峰度 Kurtosis kurtosis-0.464
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2701000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)