9oa5

Crystal structure of bovine RPE65 in complex with an emixustat azolog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oa5
沉积日期 deposition_date	2025-04-19
结构标题 title	Crystal structure of bovine RPE65 in complex with an emixustat azolog
关键词 keywords	NON-HEME IRON, ISOMEROHYDROLASE, INHIBITOR, BETA-PROPELLER, ISOMERASE, HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.78 Å
零角强度 I(0) i0	375661000.00
分子量 molecular_weight	106800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104550 Å³
包络体积 envelope_volume	170210 Å³
水化壳体积 shell_volume	44108 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.17 Å
包络 Rg envelope_rg	32.01 Å
形状 Rg shape_rg	31.75 Å
总 Rg total_rg	32.23 Å
总原子数 total_atoms	8116
残基数 n_residues	999
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	375700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8129
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	78250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Retinoid isomerohydrolase
分子量 formula_weight	61040.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.64,5.3.3.22
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9246

MSSQVEHPAGGYKKLFETVEELSSPLTAHVTGRIPLWLTGSLLRCGPGLFEVGSEPFYHLFDGQALLHKFDFKEGHVTYHRRFIRTDAYVRAMTEKRIVITEFGTCAFPDPCKNIFSRFFSYFRGVEVTDNALVNIYPVGEDYYACTETNFITKVNPETLETIKQVDLCNYVSVNGATAHPHIENDGTVYNIGNCFGKNFSIAYNIVKIPPLQADKEDPISKSEIVVQFPCSDRFKPSYVHSFGLTPNYIVFVETPVKINLFKFLSSWSLWGANYMDCFESNETMGVWLHIADKKRKKYINNKYRTSPFNLFHHINTYEDHEFLIVDLCCWKGFEFVYNYLYLANLRENWEEVKKNARKAPQPEVRRYVLPLNIDKADTGKNLVTLPNTTATAILCSDETIWLEPEVLFSGPRQAFEFPQINYQKYGGKPYTYAYGLGLNHFVPDRLCKLNVKTKETWVWQEPDSYPSEPIFVSHPDALEEDDGVVLSVVVSPGAGQKPAYLLILNAKDLSEVARAEVEINIPVTFHGLFKKS

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(1R)-3-amino-1-{3-[(E)-(2,6-difluorophenyl)diazenyl]-4-fluorophenyl}propan-1-ol
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	980

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	175.720 Å
晶胞边长 b length_b	175.720 Å
晶胞边长 c length_c	86.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	47.911 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1479
R_free r_free	0.1812

fit	/app/data/saxs_computation/oa/9oa5/9oa5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oa/9oa5/9oa5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oa/9oa5/9oa5.dat

Crystal structure of bovine RPE65 in complex with an emixustat azolog

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction