SAXSdb — 9od3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9od3
沉积日期 deposition_date	2025-04-25
结构标题 title	SIPV3-6B5 Complex
关键词 keywords	Virus, Antibody, Complex; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.55 Å
零角强度 I(0) i0	222666000.00
分子量 molecular_weight	118630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147890 Å³
包络体积 envelope_volume	198430 Å³
水化壳体积 shell_volume	48823 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.62 Å
包络 Rg envelope_rg	33.71 Å
形状 Rg shape_rg	33.51 Å
总 Rg total_rg	34.20 Å
总原子数 total_atoms	16446
残基数 n_residues	1072
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	222700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6893
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.377
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.122; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	33523.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	16446

GIEDLISEVAQGALTLSLPKQQDSLPDTKASGPAHSKEVPALTAVETGATNPLAPSDTVQTRHVVQRRSRSESTIESFFARGACVAIIEVDNEQPTTRAQKLFAMWRITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTANFTNANNGHALNQVYQIMYIPPGAPTPKSWDDYTWQTSSNPSIFYTYGAAPARISVPYVGLANAYSHFYDGFAKVPLKTDANDQIGDSLYSAMTVDDFGVLAVRVVNDHNPTKVTSKVRIYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYRNNLDPLSEKGLTTY

Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	30169.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNVEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEFIRDDEANPVDQPTEPDVATCRFYTLDTVMWGKESKGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAIPEYCLAGDSDKQRYTSYANANPGERGGKFYSQFNKDNAVTSPKREFCPVDYLLGCGVLLGNAFVYPHQIINLRTNNSATIVLPYVNALAIDSMVKHNNWGIAILPLSPLDFAQDSSVEIPITVTIAPMCSEFNGLRNVTAPKFQ

Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26289.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVLNTPGSNQYLTSDNHQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPLNLESTKRNTMDMYRVTLSDSADLSQPILCLSLSPAFDPRLSHTMLGEVLNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKILVAYAPPGAQPPTSRKEAMLGTHVIWDLGLQSSCTMVVPWISNVTYRQTTQDSFTEGGYISMFYQTRIVVPLSTPKSMSMLGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQSALPQ

Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	7320.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYKDSASNAASKQDYSQDPSKFTEPLKDVLIKTAPALN

Entity 5 polymer

描述 description	6B5 Heavy Chain
分子量 formula_weight	14395.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCEASGFNFDDYAMHWVRQAPGKGLEWVSGISWSSSSRDYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLHMNSLREEDTALYYCAKDMSYYGSGGVLHYYYYGMDVWGQGTTVTVSS

Entity 6 polymer

描述 description	6B5 Light Chain
分子量 formula_weight	11397.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SALTQPASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYDYVSWYQQHPGKAPKVMIYDVSNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEAEYYCTSYTRSSTLVFGTGTKVTVL

Entity 7 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.940 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.94 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	459882

fit	/app/data/saxs_computation/od/9od3/9od3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/od/9od3/9od3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/od/9od3/9od3.dat

SIPV3-6B5 Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)