SAXSdb — 9ogv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated factor 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 292–466 链 B； UniProt 292–466 链 C； UniProt 292–466	未记录	A1CA9 N-(1,3-thiazol-2-yl)quinoxaline-6-carboxamide × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OGV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EOD Solution structure of TRAF-type zinc finger domains (190- 248) from human TNF receptor-associated factor 4 提交 2007-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 190–248（59 aa）片段：zf-TRAF, UNP residues 190-248	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM uniformly 13C,15N-labeled protein; 20mM TrisHCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA; 10% D2O, 90% H2O \| 10% D2O, 90% H2O	分辨率未提供
2YUC Solution structure of the TRAF-type zinc finger domains (102-164) from human TNF receptor associated factor 4 提交 2007-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 102–164（63 aa）片段：TRAF-type zinc finger domains	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.24mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA, 90% H2O, 10%D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3ZJB The structure of the TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-01-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 283–470（188 aa）片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470 链 B 283–470（188 aa）片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470 链 C 283–470（188 aa）片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；15% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.200
4K8U Crystal structure of TRAF4 TRAF domain 提交 2013-04-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470 链 B 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470 链 C 281–470（190 aa）片段：UNP residues 281-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；13% PEG 3350, 0.14M Magnessium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
4M4E TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-08-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 292–466（175 aa）链 B 292–466（175 aa）链 C 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；0.2M Ammonium fluoride, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.277
5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 B 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 C 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.265
5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 E 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470 链 F 290–470（181 aa）片段：UNP residues 290-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350	分辨率 2.51 Å R-free 0.265
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276
9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 292–466（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.276

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–176； UniProt 292–466 作者链 B； PDB构建体 2–176； UniProt 292–466 作者链 C； PDB构建体 2–176； UniProt 292–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ogv
沉积日期 deposition_date	2025-05-02
结构标题 title	Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods
关键词 keywords	small molecule complex crystal structure, TRAF4, E3 ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.29 Å
零角强度 I(0) i0	104651000.00
分子量 molecular_weight	54124.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52619 Å³
包络体积 envelope_volume	94793 Å³
水化壳体积 shell_volume	30261 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.31 Å
包络 Rg envelope_rg	25.77 Å
形状 Rg shape_rg	26.25 Å
总 Rg total_rg	26.94 Å
总原子数 total_atoms	4129
残基数 n_residues	518
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9172
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.687
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.927 Å
晶胞边长 b length_b	72.302 Å
晶胞边长 c length_c	117.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.430 Å
R 因子 r_factor	0.2503
R_work r_work	0.2454
R_free r_free	0.2946

描述 description	TNF receptor-associated factor 4
分子量 formula_weight	20938.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4137

Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF receptor-associated factor 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	N-(1,3-thiazol-2-yl)quinoxaline-6-carboxamide
分子量 formula_weight	256.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/og/9ogv/9ogv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/og/9ogv/9ogv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/og/9ogv/9ogv.dat