9oh7

M13F/H117A/M121H Azurin with Cu(II), pH 7.4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Azurin

Pseudomonas aeruginosa PAO1

UniProt P00282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 链 B; UniProt 21–148 链 E; UniProt 21–148 链 G; UniProt 21–148 突变:M13F, H117A, M121H TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 CU COPPER (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;277.15 K;Well buffer: 30% PEG 4000, 100 mM LiNO3, 50 mM Tris at pH 7.4 Protein stock: 1.5 mM in 25 mM Tris pH 7.8, 1.8 mM CuSO4 Crystallization drop: 1.5 uL protein stock + 1.5 uL well buffer 分辨率 2.00 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、270 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AZUR_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 B; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 E; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 G; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9oh7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9oh7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9oh7
沉积日期 deposition_date2025-05-02
最后修订 last_revision2025-07-23
结构标题 titleM13F/H117A/M121H Azurin with Cu(II), pH 7.4
关键词 keywordsMetal binding mutant azurin protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.16
零角强度 I(0) i057617000.00
分子量 molecular_weight56592.0 kDa
排除体积 excluded_volume69840 ų
包络体积 envelope_volume88144 ų
水化壳体积 shell_volume28794 ų
包络直径 envelope_diameter83.9
壳层 Rg shell_rg32.45
包络 Rg envelope_rg25.97
形状 Rg shape_rg26.10
总 Rg total_rg27.05
总原子数 total_atoms3936
残基数 n_residues512
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.4
Rg (实空间) rg_real26.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46
I(0) (实空间) i0_real5.7620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.9390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57620000.0000
解质量估计 total_estimate0.9152
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.8
偏度 Skewness skewness0.089
峰度 Kurtosis kurtosis-0.562
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5914000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.964

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)