9on4

Crystal structure of Zn2+ bound Calprotectin variant I73K

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-A8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A9 × 2 （P06702） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A9 × 2 （P06702） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 CHLORIDE ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A9 × 2 （P06702） CALCIUM ION × 7 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A9 × 2 （P06702） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S10A8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 C； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 E； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 G； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 IA； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 KA； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 MA； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93 作者链 PA； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93

Protein S100-A9

Homo sapiens

UniProt P06702

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A8 × 2 （P05109） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A8 × 2 （P05109） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 CHLORIDE ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A8 × 2 （P05109） CALCIUM ION × 7 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein S100-A8 × 2 （P05109） CALCIUM ION × 6 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S10A9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 D； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 F； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 H； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 JA； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 LA； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 NA； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 OA； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9on4
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Crystal structure of Zn2+ bound Calprotectin variant I73K
关键词 keywords	EF-hand, calcium-binding, inflammation, innate immunity, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9on4__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9on4__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9on4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.68 Å
Rg（电子密度）	20.44 Å
总 Rg	21.38 Å
原子数	3159
残基数	391
排除体积	56445 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9on4__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9on4__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9on4__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9on4__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein S100-A8
分子量 formula_weight	10853.5 kDa
突变 mutation	C42S, I73K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,IA,KA,MA,PA
原子数 atom_count	13773

MLTELEKALNSIIDVYHKYSLIKGNFHAVYRDDLKKLLETESPQYIRKKGADVWFKELDINTDGAVNFQEFLKLVIKMGVAAHKKSHEESHKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein S100-A9
分子量 formula_weight	13248.0 kDa
突变 mutation	C3S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,JA,LA,NA,OA

MTSKMSQLERNIETIINTFHQYSVKLGHPDTLNQGEFKELVRKDLQNFLKKENKNEKVIEHIMEDLDTNADKQLSFEEFIMLMARLTWASHEKMHEGDEGPGHHHKPGLGEGTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1141

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晶胞边长 a length_a	106.480 Å
晶胞边长 b length_b	83.585 Å
晶胞边长 c length_c	109.685 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.660 Å
最低分辨率 resolution_low	36.230 Å
R 因子 r_factor	0.1838
R_work r_work	0.1835
R_free r_free	0.2212

Crystal structure of Zn2+ bound Calprotectin variant I73K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-A8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein S100-A9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9on4__assembly_2__model_1

9on4__assembly_2__model_1 | I(q)

9on4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of Zn2+ bound Calprotectin variant I73K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-A8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein S100-A9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9on4__assembly_2__model_1

9on4__assembly_2__model_1 | I(q)

9on4__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (2)