9oof

Crystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor 10e

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oof
沉积日期 deposition_date	2025-05-15
结构标题 title	Crystal structure of MYST acetyltransferase domain in complex with inhibitor 10e
关键词 keywords	Acetyltransferase, Inhibitor, Complex, TRANSFERASE, TRANSFERASE-INHIBITOR complex; TRANSFERASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.28 Å
零角强度 I(0) i0	31712500.00
分子量 molecular_weight	29660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29050 Å³
包络体积 envelope_volume	46316 Å³
水化壳体积 shell_volume	19824 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.24 Å
包络 Rg envelope_rg	20.75 Å
形状 Rg shape_rg	20.27 Å
总 Rg total_rg	20.93 Å
总原子数 total_atoms	2242
残基数 n_residues	267
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5571
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.523
峰度 Kurtosis kurtosis	0.013
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6358000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.605; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase KAT8
分子量 formula_weight	34433.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
突变 mutation	A142S, L145M, T146I, K157R, S204W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2502

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSTKVKYVDKIHIGNYEIDAWYFSPFPEDYGKQPKLWLCEYCLKYMKYEKSYRFHLGQCQWRQPPGKEIYRKSNISVHEVDGKDHKIYCQNLCLLAKLFLDHKTLYFDVEPFVFYILTEVDRQGAHIVGYFSKEKESPDGNNVSCIMILPPYQRRGYGRFLIAFSYELSKLESTVGSPEKPLSDLGKLSYRSYWSSVLLENLRDFRGTLSIKDLSQMTSITQNDIISTLQSLNMVKYWKGQHVICVTPKLVEEHLKSAQYKKPPITVDSVCLKWAPPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	(5P)-3-fluoro-N'-(3-fluorothiophene-2-sulfonyl)-5-(pyridin-2-yl)benzohydrazide
分子量 formula_weight	395.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.532 Å
晶胞边长 b length_b	57.519 Å
晶胞边长 c length_c	121.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.681 Å
最低分辨率 resolution_low	36.176 Å
R 因子 r_factor	0.1825
R_work r_work	0.1815
R_free r_free	0.1992

fit	/app/data/saxs_computation/oo/9oof/9oof.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/9oof/9oof.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/9oof/9oof.dat