SAXSdb — 9os5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0

human metapneumovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–483 链 B； UniProt 19–483 链 C； UniProt 19–483 链 D； UniProt 19–483 链 E； UniProt 19–483 链 F； UniProt 19–483	未记录	MPV498 Fab heavy chain × 3 MPV498 Fab light chain × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OS5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W16 Crystal structure of a human metapneumovirus monomeric fusion protein complexed with 458 Fab 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–101（101 aa）链 F 112–489（378 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 3.10 Å R-free 0.234

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6W8S4_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483 作者链 B； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483 作者链 C； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483 作者链 D； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483 作者链 E； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483 作者链 F； PDB构建体 1–465； UniProt 19–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9os5
沉积日期 deposition_date	2025-05-23
结构标题 title	Human antibody Fab MPV498 bound to hMPV B2 post-fusion F
关键词 keywords	hMPV, Human respiratory disease, cryoem, human metapneumovirus, IMMUNE SYSTEM, ANTIVIRAL PROTEIN; IMMUNE SYSTEM, ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.95 Å
零角强度 I(0) i0	678665000.00
分子量 molecular_weight	212150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264710 Å³
包络体积 envelope_volume	363040 Å³
水化壳体积 shell_volume	69050 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.65 Å
包络 Rg envelope_rg	46.36 Å
形状 Rg shape_rg	45.94 Å
总 Rg total_rg	46.07 Å
总原子数 total_atoms	14885
残基数 n_residues	1936
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.2 Å
Rg (实空间) rg_real	46.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	678500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8559
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.498
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.054
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.712

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0
分子量 formula_weight	50664.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14897

LKESYLEESCSTITEGYLSVLRTGWYTNVFTLEVGDVENLTCTDGPSLIKTELDLTKSALRELKTVSADQLAREEQIENPRQSRFVLGAIALGVATAAAVTAGIAIAKTIRLESEVNAIKGALKTTNEAVSTLGNGVRVLATAVRELKEFVSKNLTSAINKNKCDIADLKMAVSFSQFNRRFLNVVRQFSDNAGITPAISLDLMTDAELARAVSYMPTSAGQIKLMLENRAMVRRKGFGILIGVYGSSVIYMVQLPIFGVIDTPCWIIKAAPSCSEKDGNYACLLREDQGWYCKNAGSTVYYPNEKDCETRGDHVFCDTAAGINVAEQSRECNINISTTNYPCKVSTGRHPISMVALSPLGALVACYKGVSCSIGSNRVGIIKQLPKGCSYITNQDADTVTIDNTVYQLSKVEGEQHVIKGRPVSSSFDPIRFPEDQFNVALDQVFESIENSQALVDQSNKILNS

来源 Source

来源生物 organism	human metapneumovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	162145
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MPV498 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13434.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPAGKGLEWIGRIYTSGNTNYNPSLKSRVTMSLDTSKNQVSLKLSSVTAADTAVYYCARSRVATTPVGLRDWLDPWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MPV498 Fab light chain
分子量 formula_weight	10810.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

TPSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPLFFGQGTKLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111000

fit	/app/data/saxs_computation/os/9os5/9os5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/os/9os5/9os5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/os/9os5/9os5.dat

Human antibody Fab MPV498 bound to hMPV B2 post-fusion F

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)