9osy

Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 36, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 143.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase theta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–904 链 B； UniProt 1–904 链 C； UniProt 1–904 链 D； UniProt 1–904	片段：N-terminal domain	A1CEQ (2P)-N-[5-(cyclopropylethynyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]-2-[2-(difluoromethyl)-5-methoxypyridin-4-yl]-4-[(4-hydroxyoxan-4-yl)ethynyl]benzamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OSY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0P Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddATP opposite a tetrahydrofuran AP site analog 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1792–2590（799 aa）片段：UNP residues 1792-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, calcium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.91 Å R-free 0.302
4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）片段：UNP residues 1815-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.90 Å R-free 0.316
4X0Q Ternary complex of human DNA polymerase theta C-terminal domain binding ddGTP opposite dCMP 提交 2014-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1819–2590（772 aa）片段：UNP residues 1815-2590	未记录	GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG 2000mme, MPD, potassium chloride, TRIS buffer, glycerol	分辨率 3.90 Å R-free 0.316
5A9F Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with ADP 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5A9J Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–894（894 aa）片段：HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.265
5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 FLC CITRATE ANION × 4 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
5AGA Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta in complex with AMPPNP 提交 2015-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–894（828 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 67-894	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 FLC CITRATE ANION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 19% PEG 3350, 0.2M POTASSIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6XBU polymerase domain of polymerase-theta 提交 2020-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1819–1860（42 aa）链 A 1068–1089（22 aa）链 A 1935–2145（211 aa）链 A 2176–2260（85 aa）链 A 2307–2512（206 aa）链 A 2527–2590（64 aa）	未记录	DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% (w/v) Ethanol	分辨率 3.29 Å R-free 0.281
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZUS Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain 提交 2022-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.	分辨率 2.26 Å R-free 0.238
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K7X 2-[5-bromanyl-3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy-~{N}-ethyl-~{N}-(3-methylphenyl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 DDD 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX0 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 5 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 FFF 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.99 Å R-free 0.252
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 AAA 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 BBB 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 CCC 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 DDD 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 K8I (2~{S},3~{R})-1-[3-cyano-6-methyl-4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-~{N}-methyl-~{N}-(3-methylphenyl)-3-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 EEE 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
7ZX1 Crystal structure of Pol theta polymerase domain in complex with compound 22 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 FFF 1820–2590（771 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；285 K；15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 2.83 Å R-free 0.260
8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UAF N-methyl-N-phenyl[(3aM)-3-(trifluoromethyl)cyclopenta[c]pyrazol-2(1H)-yl]ethanethioamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate	分辨率 2.59 Å R-free 0.295
8E23 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；18.5 % PEG 3350; 0.2M diammonium tartrate	分辨率 2.59 Å R-free 0.295
8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol	分辨率 2.34 Å R-free 0.266
8E24 Human DNA polymerase theta in complex with allosteric inhibitor 提交 2022-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 UA6 2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenyl-N-[3-(pyridazin-3-yl)prop-2-yn-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；16% PEG 3350, 0.2M diammonium tartrate, 2% glycerol	分辨率 2.34 Å R-free 0.266
8GD7 Loop Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with Double Strand DNA Overhang and Inhibitor 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 Z5X 2-(3-methyl-2-oxoimidazolidin-1-yl)-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)methylcarbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.24 M Sodium citrate, 18% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane pH 7.5	分辨率 3.24 Å R-free 0.244
8W0A Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with ssDNA, dimer form 提交 2024-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9ASJ Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with AMP-PNP, dimer form 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9ASK Human DNA polymerase theta helicase domain dimer, apo-form 提交 2024-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9ASL Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer, apo-form 提交 2024-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 B 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）链 D 1–894（894 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9AU5 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a cognate C:G base pair 提交 2024-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
9AU8 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:T base pair 提交 2024-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9AU9 Ternary complex of human DNA polymerase theta polymerase domain with a mismatched T:G base pair 提交 2024-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1792–2590（799 aa）	未记录	DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
9BH6 Human DNA polymerase theta helicase domain tetramer in the apo form 提交 2024-04-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）链 C 2–894（893 aa）链 D 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.	分辨率 3.30 Å
9BH7 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer in the apo form 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane pool cooled by liquid nitrogen using a manual plunge freezer.	分辨率 3.50 Å
9BH8 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology searching conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.60 Å
9BH9 Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology aligning conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted for 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.50 Å
9BHA Human DNA polymerase theta helicase domain dimer bound to DNA in the microhomology annealed conformation 提交 2024-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–894（893 aa）链 B 2–894（893 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microliters of sample was applied to the surface of the grid, blotted with Whatman 1 filter paper until 2 seconds after the liquid spot on the filter paper stopped spreading, and the grid was plunged into a liquid ethane bath cooled by liquid nitrogen.	分辨率 3.50 Å
9BP9 Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, dimer form 提交 2024-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）	未记录	WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9BPA Human DNA polymerase theta helicase domain in complex with inhibitor AB25583, tetramer form 提交 2024-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–894（894 aa）链 C 1–894（894 aa）链 E 1–894（894 aa）链 G 1–894（894 aa）	未记录	WCN (4P)-N-{5-[(4-chlorophenyl)methoxy]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-4-(2-methoxyphenyl)pyridine-3-carboxamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9C5Q Human DNA polymerase theta helicase domain in microhomology annealed state 2, dimer form 提交 2024-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 68–891（824 aa）链 C 68–891（824 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate	分辨率 2.43 Å R-free 0.237
9D6N Loop-Deleted DNA Polymerase Theta in Complex with a dsDNA Overhang and an Allostertic Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2C 2-{3-[(2R)-3-(dimethylamino)-2-hydroxypropyl]-2-oxoimidazolidin-1-yl}-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.23M Sodium Citrate	分辨率 2.43 Å R-free 0.237
9D6O Loop-Deleted DNA Polymerase Theta Polymerase Domain in Complex with a dsDNA Overhang and an Allosteric Inhibitor 提交 2024-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1819–2590（772 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1A2D 2-[3-(2-hydroxyethyl)-2-oxoimidazolidin-1-yl]-4,6-bis(trifluoromethyl)phenyl (4-fluorophenyl)(methyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1M Bis Tris Propane pH 7.5, 18% (w/v) PEG 3350, 0.29M Sodium Tartrate	分辨率 3.31 Å R-free 0.234
9OSW Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 19, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog 提交 2025-05-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 C 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain 链 D 1–904（904 aa）片段：N-terminal domain	未记录	A1CER (3M)-2'-chloro-N-{5-[(1S,2S)-2-(4-cyanophenyl)cyclopropyl]-1,3,4-thiadiazol-2-yl}-5'-methoxy[3,4'-bipyridine]-4-carboxamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 5% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 microL drop of sample suspension is applied to an EM grid that has been plasma-cleaned using a Gatan Solarus. After blotting the sample away with filter paper, grids are plunge-frozen in liquid ethane. Grids are stored under liquid nitrogen until transferred to the transmission electron microscope for imaging.	分辨率 2.67 Å
9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.71 Å R-free 0.251
9YSH Allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1CZX N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)pyridine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；14% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 6% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.71 Å R-free 0.251
9YSI Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.211
9YSI Covalent allosteric inhibitor of human DNA polymerase theta 提交 2025-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 1818–2590（773 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1CZ4 N-(4-{2-[2,4-bis(trifluoromethyl)phenyl]-N-phenylacetamido}but-2-yn-1-yl)-2-(ethanesulfonamido)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；22% PEG 3350, 200 mM sodium-potassium tartrate, 3% glycerol, 0.02% sucrose monolaurate, and 20 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.211

共 32 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLQ_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–904； UniProt 1–904 作者链 B； PDB构建体 1–904； UniProt 1–904 作者链 C； PDB构建体 1–904； UniProt 1–904 作者链 D； PDB构建体 1–904； UniProt 1–904

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9osy
沉积日期 deposition_date	2025-05-26
结构标题 title	Tetrameric POLQ Helicase-like Domain Bound to Cmpd 36, a Small-Molecule ATPase Inhibitor and Drug Candidate Analog
关键词 keywords	Theta-mediated end-joining DNA-dependent ATPase DNA repair Inhibitor co-complex, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.24 Å
零角强度 I(0) i0	1217850000.00
分子量 molecular_weight	301120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	381370 Å³
包络体积 envelope_volume	526250 Å³
水化壳体积 shell_volume	88635 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.76 Å
包络 Rg envelope_rg	47.85 Å
形状 Rg shape_rg	48.29 Å
总 Rg total_rg	48.25 Å
总原子数 total_atoms	42685
残基数 n_residues	2696
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.6 Å
Rg (实空间) rg_real	48.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0850e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1218000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8580
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.070
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	183900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.204

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase theta
分子量 formula_weight	100884.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,2.7.7.7,2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	42685

MNLLRRSGKRRRSESGSDSFSGSGGDSSASPQFLSGSVLSPPPGLGRCLKAAAAGECKPTVPDYERDKLLLANWGLPKAVLEKYHSFGVKKMFEWQAECLLLGQVLEGKNLVYSAPTSAGKTLVAELLILKRVLEMRKKALFILPFVSVAKEKKYYLQSLFQEVGIKVDGYMGSTSPSRHFSSLDIAVCTIERANGLINRLIEENKMDLLGMVVVDELHMLGDSHRGYLLELLLTKICYITRKSASCQADLASSLSNAVQIVGMSATLPNLELVASWLNAELYHTDFRPVPLLESVKVGNSIYDSSMKLVREFEPMLQVKGDEDHVVSLCYETICDNHSVLLFCPSKKWCEKLADIIAREFYNLHHQAEGLVKPSECPPVILEQKELLEVMDQLRRLPSGLDSVLQKTVPWGVAFHHAGLTFEERDIIEGAFRQGLIRVLAATSTLSSGVNLPARRVIIRTPIFGGRPLDILTYKQMVGRAGRKGVDTVGESILICKNSEKSKGIALLQGSLKPVRSCLQRREGEEVTGSMIRAILEIIVGGVASTSQDMHTYAACTFLAASMKEGKQGIQRNQESVQLGAIEACVMWLLENEFIQSTEASDGTEGKVYHPTHLGSATLSSSLSPADTLDIFADLQRAMKGFVLENDLHILYLVTPMFEDWTTIDWYRFFCLWEKLPTSMKRVAELVGVEEGFLARCVKGKVVARTERQHRQMAIHKRFFTSLVLLDLISEVPLREINQKYGCNRGQIQSLQQSAAVYAGMITVFSNRLGWHNMELLLSQFQKRLTFGIQRELCDLVRVSLLNAQRARVLYASGFHTVADLARANIVEVEVILKNAVPFKSARKAVDEEEEAVEERRNMRTIWVTGRKGLTEREAAALIVEEARMILQQDLVEMGVQWNPCALL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2P)-N-[5-(cyclopropylethynyl)-1,3,4-thiadiazol-2-yl]-2-[2-(difluoromethyl)-5-methoxypyridin-4-yl]-4-[(4-hydroxyoxan-4-yl)ethynyl]benzamide ;
分子量 formula_weight	550.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	387000

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