9ov4

Native GABA-A receptor from rat cerebella, beta1-alpha1-beta2-alpha1-gamma2 subtype, in complex with GABA and PZ-II-029

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 144.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

物种未注明

UniProt P62813

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–455 链 C; UniProt 1–455 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 × 1 (P63138) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18508) 8E3 Fab heavy chain × 2 8E3 Fab light chain × 2 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1 × 1 (P15431) ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 A1CEP 7-methoxy-2-(4-methoxyphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[4,3-c]quinolin-3-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA1_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–455; UniProt 1–455 作者链 C; PDB构建体 1–455; UniProt 1–455

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2

物种未注明

UniProt P63138

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–474 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 (P62813) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18508) 8E3 Fab heavy chain × 2 8E3 Fab light chain × 2 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1 × 1 (P15431) ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 A1CEP 7-methoxy-2-(4-methoxyphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[4,3-c]quinolin-3-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRB2_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–474; UniProt 1–474

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

物种未注明

UniProt P18508

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–466 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 (P62813) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 × 1 (P63138) 8E3 Fab heavy chain × 2 8E3 Fab light chain × 2 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1 × 1 (P15431) ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 A1CEP 7-methoxy-2-(4-methoxyphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[4,3-c]quinolin-3-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRG2_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–466; UniProt 1–466

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1

物种未注明

UniProt P15431

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 9 其他聚合物 7 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–474 未记录 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 × 2 (P62813) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 × 1 (P63138) Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 × 1 (P18508) 8E3 Fab heavy chain × 2 8E3 Fab light chain × 2 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 A1CEP 7-methoxy-2-(4-methoxyphenyl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[4,3-c]quinolin-3-one × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 2.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRB1_RAT
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–474; UniProt 1–474

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ov4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ov4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ov4
沉积日期 deposition_date2025-05-29
结构标题 titleNative GABA-A receptor from rat cerebella, beta1-alpha1-beta2-alpha1-gamma2 subtype, in complex with GABA and PZ-II-029
关键词 keywordsneurotransmitter receptor, cys-loop receptor, ligand-gated ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.80
零角强度 I(0) i0463066000.00
分子量 molecular_weight175630.0 kDa
排除体积 excluded_volume219830 ų
包络体积 envelope_volume300310 ų
水化壳体积 shell_volume63701 ų
包络直径 envelope_diameter158.1
壳层 Rg shell_rg44.54
包络 Rg envelope_rg39.62
形状 Rg shape_rg39.78
总 Rg total_rg40.14
总原子数 total_atoms24382
残基数 n_residues1498
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.9
Rg (实空间) rg_real40.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52
I(0) (实空间) i0_real4.6310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal463000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8255
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.3
偏度 Skewness skewness0.535
峰度 Kurtosis kurtosis0.151
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77170000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.898

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)