9ozy

Gradient equilibration of hexagonal thermolysin to low salt over 15 minutes

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ozy
沉积日期 deposition_date	2025-06-06
结构标题 title	Gradient equilibration of hexagonal thermolysin to low salt over 15 minutes
关键词 keywords	Glycosidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.62 Å
零角强度 I(0) i0	21995800.00
分子量 molecular_weight	34873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43092 Å³
包络体积 envelope_volume	48108 Å³
水化壳体积 shell_volume	20609 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.04 Å
包络 Rg envelope_rg	19.91 Å
形状 Rg shape_rg	19.60 Å
总 Rg total_rg	20.49 Å
总原子数 total_atoms	4753
残基数 n_residues	316
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8030
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.352
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.238
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Thermolysin
分子量 formula_weight	34362.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.27
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	5013

ITGTSTVGVGRGVLGDQKNINTTYSTYYYLQDNTRGDGIFTYDAKYRTTLPGSLWADADNQFFASYDAPAVDAHYYAGVTYDYYKNVHNRLSYDGNNAAIRSSVHYSQGYNNAFWNGSEMVYGDGDGQTFIPLSGGIDVVAHELTHAVTDYTAGLIYQNESGAINEAISDIFGTLVEFYANKNPDWEIGEDVYTPGISGDSLRSMSDPAKYGDPDHYSKRYTGTQDNGGVHINSGIINKAAYLISQGGTHYGVSVVGIGRDKLGKIFYRALTQYLTPTSNFSQLRAAAVQSATDLYGSTSQEVASVKQAFDAVGVK

Entity 2 non-polymer

描述 description	VALINE
分子量 formula_weight	117.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	242

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.572 Å
晶胞边长 b length_b	93.572 Å
晶胞边长 c length_c	131.042 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	29.710 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1586
R_free r_free	0.1870

fit	/app/data/saxs_computation/oz/9ozy/9ozy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oz/9ozy/9ozy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oz/9ozy/9ozy.dat