9p3c

Structure of radical S-adenosylmethionine methyltransferase, NocN, from Nocardia with SAH and side-ring closed product analog bound

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

radical S-adenosylmethionine methyltransferase NocN

Nocardia sp. ATCC 202099

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	IRON/SULFUR CLUSTER × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ;2-[(6S,13S)-6-[(2-{(1S,2R)-1-[(N-{2-[(1S)-1-amino-2-hydroxyethyl]-1,3-thiazole-4-carbonyl}-L-threonyl)amino]-2-hydroxypropyl}-1,3-thiazole-4-carbonyl)amino]-18-methyl-3,11,16-trioxo-1,3,4,5,6,11,12,13,14,16-decahydro-10,7-(azeno)-17,19-epimino-2,15,8,12-benzodioxathiazacycloicosin-13-yl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid ; × 2 CALCIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	IRON/SULFUR CLUSTER × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ;2-[(6S,13S)-6-[(2-{(1S,2R)-1-[(N-{2-[(1S)-1-amino-2-hydroxyethyl]-1,3-thiazole-4-carbonyl}-L-threonyl)amino]-2-hydroxypropyl}-1,3-thiazole-4-carbonyl)amino]-18-methyl-3,11,16-trioxo-1,3,4,5,6,11,12,13,14,16-decahydro-10,7-(azeno)-17,19-epimino-2,15,8,12-benzodioxathiazacycloicosin-13-yl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid ; × 2 CALCIUM ION × 1 NICKEL (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E5DUI5_9NOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420 作者链 B； PDB构建体 1–420； UniProt 1–420

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p3c
沉积日期 deposition_date	2025-06-13
结构标题 title	Structure of radical S-adenosylmethionine methyltransferase, NocN, from Nocardia with SAH and side-ring closed product analog bound
关键词 keywords	radical S-adenosylmethionine, nosiheptide, nocathiacin, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9p3c__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9p3c__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9p3c__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.45 Å
Rg（电子密度）	20.34 Å
总 Rg	21.21 Å
原子数	3307
残基数	397
排除体积	58016 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9p3c__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9p3c__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	radical S-adenosylmethionine methyltransferase NocN
分子量 formula_weight	46377.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7374

MSTAVSLSSLVDVVPAPAPNLPSSTDEQHMLMLYVHVPFCHSKCTFCDWVQAIPTKDLLRKPEDSVRKNYIRALVTEIETRGAQLRAAGQVPYVVYWGGGTASSLDNAEAEAIWGALDSAFDLSTVAEATIECSPDTVDKAKLEFFRGLGFNRVSSGVQSFDDARLRRLGRRHTAGEADRIVHHAREAGFDEVSIDIMSGFPDQELDELRATVEKAVSLPLTHLSLYSFRPTPGTFMRRKLAGTEKRAYLRKQQALFTEARRMIIDAGLPEYASGYFGRVSPFAAMYFQLRADTAGFGSGAISLVDRQFLSHAKGKLHAYIQDPLAYDIDVPAGQDRVLVSFLQAGLAMFDGVLREEWRVSTGTDLDEVLTRPSIAPLADFLRGRGLIEDERGIRLDPRLAGLTLIELAFEMAMSQPESA

来源 Source

来源生物 organism	Nocardia sp. ATCC 202099
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	930400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;2-[(6S,13S)-6-[(2-{(1S,2R)-1-[(N-{2-[(1S)-1-amino-2-hydroxyethyl]-1,3-thiazole-4-carbonyl}-L-threonyl)amino]-2-hydroxypropyl}-1,3-thiazole-4-carbonyl)amino]-18-methyl-3,11,16-trioxo-1,3,4,5,6,11,12,13,14,16-decahydro-10,7-(azeno)-17,19-epimino-2,15,8,12-benzodioxathiazacycloicosin-13-yl]-1,3-thiazole-4-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	1025.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	765

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晶胞边长 a length_a	59.926 Å
晶胞边长 b length_b	88.035 Å
晶胞边长 c length_c	146.897 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	29.500 Å
R 因子 r_factor	0.1621
R_work r_work	0.1612
R_free r_free	0.1935

Structure of radical S-adenosylmethionine methyltransferase, NocN, from Nocardia with SAH and side-ring closed product analog bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

radical S-adenosylmethionine methyltransferase NocN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9p3c__assembly_2__model_1

9p3c__assembly_2__model_1 | I(q)

9p3c__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Structure of radical S-adenosylmethionine methyltransferase, NocN, from Nocardia with SAH and side-ring closed product analog bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

radical S-adenosylmethionine methyltransferase NocN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9p3c__assembly_2__model_1

9p3c__assembly_2__model_1 | I(q)

9p3c__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)