9p4d

Crystal Structure of Engineered glutamine binding protein and a Gd-DOTA ligand - Gln bound

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 131.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p4d
沉积日期 deposition_date	2025-06-16
结构标题 title	Crystal Structure of Engineered glutamine binding protein and a Gd-DOTA ligand - Gln bound
关键词 keywords	Amino acid ABC transporter, substrate binding protein, Metal Binding Protein; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.50 Å
零角强度 I(0) i0	693468000.00
分子量 molecular_weight	143840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	139060 Å³
包络体积 envelope_volume	265340 Å³
水化壳体积 shell_volume	54824 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.8 Å
壳层 Rg shell_rg	45.97 Å
包络 Rg envelope_rg	39.49 Å
形状 Rg shape_rg	40.46 Å
总 Rg total_rg	40.79 Å
总原子数 total_atoms	10853
残基数 n_residues	1342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	693600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8934
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.142
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.848

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
分子量 formula_weight	25254.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	11492

SNAADKKLVVATDTAFVPFEFKQGDIYVGFDVDLWAAIAKELKLDYELKPMDFSGIIPALQTKNVDLALAGITICDERKKAIDFSDGYYKSGLLVMVKANNNDVKSVKDLDGKVVAVKSGTGSVDYAKANIKTKDLRQFPNIDNAYMELGTNRADAVLHDTPNILYFIKTAGNGQFKAVGDSLEAQQYGIAFPKGSDELRDKVNGALKTLRENGTYNEIYKKWFGTEPK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLUTAMINE
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-oxo-4-[(2-{2-[4,7,10-tris(carboxymethyl)-1,4,7,10-tetraazacyclododecan-1-yl]acetamido}ethyl)amino]butanoic acid
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	GADOLINIUM ION
分子量 formula_weight	157.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	343

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	221.437 Å
晶胞边长 b length_b	221.437 Å
晶胞边长 c length_c	79.558 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	38.500 Å
R 因子 r_factor	0.2125
R_work r_work	0.2113
R_free r_free	0.2344

fit	/app/data/saxs_computation/p4/9p4d/9p4d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p4/9p4d/9p4d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p4/9p4d/9p4d.dat