SAXSdb — 9pae

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase

Human coronavirus OC43

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3247–3549 链 B； UniProt 3247–3549	未记录	A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris pH 8.5 and 20% PEG3350	分辨率 2.31 Å R-free 0.280
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 3247–3549 链 D； UniProt 3247–3549	未记录	A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris pH 8.5 and 20% PEG3350	分辨率 2.31 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PAE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9C7W human OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3247–3544（298 aa）	突变：P3460L	A1AUY (8S)-3-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-(pyrimidin-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 8% EG, 10% PEG 8K	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
9C7W human OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3247–3544（298 aa）	突变：P3460L	A1AUY (8S)-3-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-(pyrimidin-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 8% EG, 10% PEG 8K	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
9C7W human OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 3247–3544（298 aa）	突变：P3460L	A1AUY (8S)-3-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-(pyrimidin-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 8% EG, 10% PEG 8K	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
9C7W human OC43 Main Protease (1-303) in complex with potent inhibitor 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 3247–3544（298 aa）	突变：P3460L	A1AUY (8S)-3-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-(pyrimidin-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 8% EG, 10% PEG 8K	分辨率 2.08 Å R-free 0.246
9Y8X OC43 Mpro with EGT710 提交 2025-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3247–3549（303 aa）	未记录	A1CBU (4S)-4-(iminomethyl)-3-(isoquinolin-4-yl)-1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]imidazolidin-2-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.2M NaSCN, 30% Peg 3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.265

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U3M6R3_CVHOC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–303； UniProt 3247–3549 作者链 B； PDB构建体 1–303； UniProt 3247–3549 作者链 C； PDB构建体 1–303； UniProt 3247–3549 作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 3247–3549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pae
沉积日期 deposition_date	2025-06-25
结构标题 title	Crystal structure of HCoV OC43 3CLpro with ALG-097608 (inhibitor 1)
关键词 keywords	HYDROLASE/inhibitor, 3CL Protease, Nsp5, Pan coronavirus, ALG-097608, INHIBITOR 1, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.19 Å
零角强度 I(0) i0	541948000.00
分子量 molecular_weight	126690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122730 Å³
包络体积 envelope_volume	215910 Å³
水化壳体积 shell_volume	49476 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.0 Å
壳层 Rg shell_rg	42.17 Å
包络 Rg envelope_rg	36.85 Å
形状 Rg shape_rg	37.14 Å
总 Rg total_rg	37.51 Å
总原子数 total_atoms	9528
残基数 n_residues	1212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	541900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8657
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.476
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.211
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.802

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	3C-like proteinase
分子量 formula_weight	33503.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9953

SGIVKMVNPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSASDMTNPDYTNLLCRVTSSDFTVLFDRLSLTVMSYQMRGCMLVLTVTLQNSRTPKYTFGVVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSYTIKGSFLCGSCGSVGYVIMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGDFYGPYKDAQVVQLLIQDYIQSVNFVAWLYAAILNNCNWFVQSDKCSVEDFNVWALSNGFSQVKSDLVIDALASMTGVSLETLLAAIKRLKNGFQGRQIMGSCSFEDELTPSDVYQQLAGIKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus OC43
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31631
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	561.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	164.087 Å
晶胞边长 b length_b	106.499 Å
晶胞边长 c length_c	107.309 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	33.960 Å
R 因子 r_factor	0.2172
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2803

fit	/app/data/saxs_computation/pa/9pae/9pae.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pa/9pae/9pae.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pa/9pae/9pae.dat

Crystal structure of HCoV OC43 3CLpro with ALG-097608 (inhibitor 1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction