9pcm

Crystal structure of Rv0097 with Fe, CADA, and alpha-ketoglutarate bound (ternary complex)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pcm
沉积日期 deposition_date	2025-06-27
最后修订 last_revision	2026-03-11
结构标题 title	Crystal structure of Rv0097 with Fe, CADA, and alpha-ketoglutarate bound (ternary complex)
关键词 keywords	non-heme iron enzyme, Fe(II)/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenases, isonitrile synthase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.42 Å
零角强度 I(0) i0	67981300.00
分子量 molecular_weight	66092.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83145 Å³
包络体积 envelope_volume	102280 Å³
水化壳体积 shell_volume	29070 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.37 Å
包络 Rg envelope_rg	30.20 Å
形状 Rg shape_rg	30.40 Å
总 Rg total_rg	31.03 Å
总原子数 total_atoms	4661
残基数 n_residues	577
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.4 Å
Rg (实空间) rg_real	30.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	67980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8487
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.721
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.788; Smooth: 0.846

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	(3R)-3-[(carboxymethyl)amino]fatty acid oxygenase/decarboxylase
分子量 formula_weight	34212.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5428

MTLKVKGEGLGAQVTGVDPKNLDDITTDEIRDIVYTNKLVVLKDVHPSPREFIKLGRIIGQIVPYYEPMYHHEDHPEIFVSSTEEGQGVPKTGAFWHIDYMFMPEPFAFSMVLPLAVPGHDRGTYFIDLARVWQSLPAAKRDPARGTVSTHDPRRHIKIRPSDVYRPIGEVWDEINRTTPPIKWPTVIRHPKTGQEILYICATGTTKIEDKDGNPVDPEVLQELMAATGQLDPEYQSPFIHTQHYQVGDIILWDNRVLMHRAKHGSAAGTLTTYRLTMLDGLKTPGYAAKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(3R)-3-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)decanoic acid
分子量 formula_weight	245.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	700

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	57.042 Å
晶胞边长 b length_b	63.454 Å
晶胞边长 c length_c	90.088 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	29.320 Å
R 因子 r_factor	0.1958
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2181

fit	/app/data/saxs_computation/pc/9pcm/9pcm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pc/9pcm/9pcm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pc/9pcm/9pcm.dat