9pfq

The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–338 链 B； UniProt 1–338	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9AAU2） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9AAU1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P58066） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P52324） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 （Q9A999） ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–338（338 aa）链 B 1–338（338 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9ZUM Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 251–329（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
9ZUM Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 251–329（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
9ZUM Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 251–329（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
9ZUM Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 251–329（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242
9ZUM Structure of the Caulobacter crescentus RNAP alpha-CTD bound to AT rich DNA 提交 2025-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 251–329（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1-2% PEG 2000 MME, 1 mM Ammonium sulphate, 20 mM sodium acetate pH 5.5	分辨率 2.43 Å R-free 0.242

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338 作者链 B； PDB构建体 1–338； UniProt 1–338

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q9AAU2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–1356	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9A8S9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9AAU1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P58066） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P52324） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 （Q9A999） ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–1356（1356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 C 1–1356（1356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1356（1356 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1356； UniProt 1–1356

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q9AAU1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–1396	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9A8S9） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9AAU2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P58066） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P52324） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 （Q9A999） ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1396（1396 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 D 1–1396（1396 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1396（1396 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1396； UniProt 1–1396

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt P58066

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–119	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9A8S9） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9AAU2） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9AAU1） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P52324） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 （Q9A999） ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–119（119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 E 1–119（119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–119（119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

RNA polymerase sigma factor RpoD

Caulobacter vibrioides NA1000

UniProt P52324

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–652	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9A8S9） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9AAU2） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9AAU1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P58066） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 （Q9A999） ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–652（652 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 F 1–652（652 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
9PGH The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex 提交 2025-07-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–652（652 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOD_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–652； UniProt 1–652

WYL domain-containing protein

Caulobacter vibrioides NA1000

UniProt Q9A999

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 4 PDB 声明：12-meric（12）与全部聚合物数一致	链 Q； UniProt 1–331 链 R； UniProt 1–331	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q9A8S9） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q9AAU2） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q9AAU1） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （P58066） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P52324） DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 ;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ; × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9PFQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7TZV Structure of DriD C-domain bound to 9mer ssDNA 提交 2022-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 138–331（194 aa）链 M 138–331（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Imidazole, 20% PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.223
7U02 Structure of the C. crescentus DriD C-domain bound to ssDNA 提交 2022-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 138–331（194 aa）链 M 138–331（194 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Ammonium sulphate	分辨率 2.48 Å R-free 0.279
9CU3 Allosteric mechanism of DriD transcription activator 提交 2024-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 82–331（250 aa）链 B 82–331（250 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298.15 K；Ammonium sulfate dibasic, sodium cacodylate trihydrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
9PFV The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex 提交 2025-07-06	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 Q 1–331（331 aa）链 R 1–331（331 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9PGA The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex 提交 2025-07-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric	链 Q 1–331（331 aa）链 R 1–331（331 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-cl, 5 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 1 mM BME cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9A999_CAUVC
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331 作者链 R； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pfq
沉积日期 deposition_date	2025-07-06
结构标题 title	The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex
关键词 keywords	;bapE promoter transcription activation complex, DriD, Caulobacter, TRANSCRIPTION, Non-canonical DNA Repair, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.43 Å
零角强度 I(0) i0	4183770000.00
分子量 molecular_weight	514430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	632520 Å³
包络体积 envelope_volume	1022800 Å³
水化壳体积 shell_volume	143450 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.5 Å
壳层 Rg shell_rg	63.03 Å
包络 Rg envelope_rg	56.90 Å
形状 Rg shape_rg	57.47 Å
总 Rg total_rg	57.45 Å
总原子数 total_atoms	36040
残基数 n_residues	4574
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.4 Å
Rg (实空间) rg_real	58.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1840e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4186000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8652
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	634400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.828

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	37315.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	36040

MIERNWNELIRPEKPQIETGADATRKARIVAEPLERGFGVTLGNALRRVLLSSLQGAAVTAIQIDGVVHEFSSLEGVREDVVDIVLNIKQLAVRMHAEGPKRMTLRATGPGPVTAGQIETPADIEILNPDHVLCTLDDGASVRMEFTVNNGKGYVPADRNRPEDAPIGLIAVDALYSPVKRVAYRVEPTRQGQSLDYDKLILEVETNGAVTPVDAVAYAARILQDQLQIFITFEEPKAKSADESKPELPFNPALLKKVDELELSVRSANCLKNDNIVYIGDLIQKTEAEMLRTPNFGRKSLNEIKEVLAGMGLHLGMDVPNWPPENIEDLAKKFEDQI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	151085.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAQSFTGKKRIRKSFGRIPEAVQMPNLIEVQRSSYEQFLQRETRPGLRRDEGVEAVFKSVFPIKDFNERAVLEYVSYEFEEPKYDVEECIQRDMTFAAPLKVKLRLIVFETEEETGARSVKDIKEQDVYMGDIPLMTDKGTFIVNGTERVIVSQMHRSPGVFFDHDKGKTHASGKLLFAARVIPYRGSWLDFEFDAKDIVYVRIDRRRKLPATTFLYALGMDGEEILTTFYDVVPFEKRSGGWATPYKPERWRGVKPEFPLVDADTGEEVAPAGTKITARQAKKFADGGLKTLLLAPEALTGRYLARDAVNMATGEIYAEAGDELDVTSIQALADQGFSTIDVLDIDHVTVGAYMRNTLRVDKNAIREDALFDIYRVMRPGEPPTVEAAEAMFKSLFFDAERYDLSSVGRVKMNMRLEQDVSDEVRILRKEDVLAVLKVLVGLRDGRGEIDDIDNLGNRRVRSVGELLENQYRVGLLRMERAIKERMSSVDIDTVMPHDLINAKPAAAAVREFFGSSQLSQFMDQTNPLSEITHKRRLSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGPNIGLINSLATHARVNKYGFIESPYRRVKDGKPQDEVVYMSAMEESKHVIAQSNIKVAEGEIVEDLVPGRINGEPTLLQKETVDLMDVSPRQVVSVAAALIPFLENDDANRALMGSNMQRQAVPLVQSDAPLVGTGMEAVVARDSGAVVIAKRTGVVEQIDGTRIVIRATEETDPARSGVDIYRMSKFQRSNQSTCINQRPLVKVGDRIVAGDIIADGPSTELGELALGRNALVAFMPWNGYNFEDSILISERIVRDDVFTSIHIEEFEVMARDTKLGPEEITRDIPNVGEEALRNLDEAGIVAIGAEVQPGDILVGKVTPKGESPMTPEEKLLRAIFGEKASDVRDTSLRLPPGVAGTIVDVRVFNRHGVDKDERALAIERAEIDRLGKDRDDEFAILNRNISGRLKELLIGKVALSGPKGLSRGEITAEGLAQVASGLWWQIALEDEKAMGELESLRRLFDENRKRLDRRFEDKVDKLQRGDELPPGVMKMVKVFVAVKRKLQPGDKMAGRHGNKGVISRILPIEDMPFLADGTHVDVVLNPLGVPSRMNVGQIFETHLGWACANLGKQITNLLEDWQQGGQKQALVERLTEIYGPDEELPDTEEGLVELARNLGKGVPIATPVFDGARMDDIEGHLEMAGVNKSGQSILFDGLTGEQFKRPVTVGYIYMLKLHHLVDDKIHARSIGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVAGRTKVYESIVRGDDTFEAGIPESFNVLVKEMRSLGLNVELENS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	154467.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNQEVLNIFNPVQAAPTFDQIRISLASPEKIRSWSFGEIKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPTKDYECLCGKYKRMKYKGIICEKCGVEVTLARVRRERMGHIELASPVAHIWFLKSLPSRIAMMLDMPLKDIERVLYFEYYIVTEPGLTPLKQHQLLSEDDYMRAQEEYGDDSFTAEIGAEAIQNLLKAIDLEKEAERLREELSGTVSDMKQKKFSKRLKILEAFQESGNRPEWMVLTVVPVIPPELRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIELRAPDIIIRNEKRMLQESVDALFDNGRRGRVITGANKRPLKSLADMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPELKLHECGLPKKMALELFKPFIYARLDAKGLSGTVKQSKRMVEREQPQVWDILEEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPKLIEGKAIQLHPLVCAAFNADFDGDQMAVHVPLSLEAQLEARVLMMSTNNILSPANGRPIIVPSQDIVLGLYYLSVARDGEPGEGKIFADLGEIEAAMDAGVVSLHAKIKARHTEMTPEGVLLRKVIDTTPGRMKIAALLPHHPQIGHRLIEKALTKKEIGNLIDIVYRHCGQKATVIFADKVMGLGFKEAAKAGISFGKDDIIIPVRKTAIVEETRKLAEEYEQQYADGLITKGEKYNKVVDAWAKATDRVADEMMAELQMKHKDENGREKEINAIYMMAHSGARGSQAQMKQLGGMRGLMAKPSGEIIETPIVSNFKEGLTVQEYFNSTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDCIIVEEDCGTTKGITLRAVVEGGDVLVSLGSRVLGRFTAEDVKDPGTGELVVPADTYIDENIADAIEAAVVQSVKVRSVLTCEAKIGVCGACYGRDLARGTPVNIGEAVGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGTAQVAEQSFFEASNEGTVRVIGPTVVGSDGALVIMSRNTSVSVLVDGKERETYKPPYGARLRVKDGDLVKRGQRLGDWDPYTTPIITEVAGKIRAEDLVDGLSIREEVDEATGIAQRVVADWRTSARGSDLRPAMGVLSEDGSYKRLSNGGEARYLLSAGAILSVADGDEVKPGEVIARIPTEGAKTRDITGGLPRVAELFEARRPKDCAVIAEMDGRVEFGKDYKNKRRIKITPDVDADGNQPEAVEFLIPKGKHIAVHDGDYITKGEYIIDGNPDPHDILRILGVEALANFLVDEIQEVYRLQGVPINDKHIETIVRQMLQKVEILEPGDTGLIKGDHLDKPEFDKEQEKAIARGGRPAVTQPVLLGITKASLQTKSFISAASFQETTRVLTEASVHGKTDTLEGLKENVIVGRLIPAGTGSYLRSLQRVAAKRDEQLAQQREDAMEPLPAEIALSDAE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	13289.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MARVTVEDCVEKVPNRFALVLLSAHRARGISAGAALMVDRDNDKNPVVALREIADDVIDHEGLKEHLISTLQRVDEHTEAEEEAETLALLADPSHMQMSELELVRALQSDRDGGQEERY

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor RpoD
分子量 formula_weight	72770.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSNNSSAETEAPETTGGDGPLLDLTDAGVKKFIKQAKARGYVTMDELNKVLPSEEVSPDAIEDTLAMLSEMGVNVVEAEEDAENAEGGEVATRDENTTVIASDKPAAYDRTDDPVRMYLREMGSVELLSREGEIAIAKRIEAGRDTMIRGLCESALTFEAIMVWREELGTGRILLREVIDLEGTYAAINGVAAQPAAEDDEGPAEPVDDEAGEAKAEGAEGEDEDDFDDGAGPTVSAMEGELREGVMAILDAIASEFEAFRKLQDKLVGSRLKGEDLSDADRKAYEGLSATIIQHLKTLKLNNNRIEALVEQLYAINKRLIGLEGRLLRLADSYGISRGEFLKAYFGSELNPTWSEQVKAMGVRWTKFVENDSQSVTDIRSEIAALATETGVPIDDYRRIVQTVQKGEREARQAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQFLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKIVRTSRQMLHEIGREPTPEELAEKLAMPLEKVRKVLKIAKEPISLETPIGDEEDSHLGDFIEDKNAILPIDAAIQSNLRETTTRVLASLTPREERVLRMRFGIGMNTDHTLEEVGQQFSVTRERIRQIEAKALRKLKHPSRSRKLRSFLDS

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides NA1000
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	565050
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (64-MER)-non template
分子量 formula_weight	27645.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GCGCAGCGTTGGCGGACATACCAAGCCCCAAAAGTTCGCGTTATGTTCTCTTCTGGCGCACCCCTGCGTCAAGCCGGGACGCCGCGACAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (51-MER)-template
分子量 formula_weight	27885.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATGTCGCGGCGTCCCGGCTTGACGCAGGGGTGCGCCAGAAGAGAACATAACGCGAACTTTTGGGGCTTGGTATGTCCGCCAACGCTGCGC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	WYL domain-containing protein
分子量 formula_weight	36212.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R

MTGGMRHEKATRLLDLARMLAGSAEGLTLDEMAAALGVGRRTAERMRDAVWAAFPQMEAIDDPPTKRFRIPSGLDGVFQTPTAEELAALRVAADSLRASGADARASSLYALEAKLLSALRGSARRRVAPDVEALVQAETIAVHAGPRPYEDQAVLGAIRAAIKGLQALSFRYEGGSTPGRTREVTPLGVLFGRSNYLVALEGKGGKPRSWRLDRMSDLKVLDKPAPPPQDFSLQAFADESFGIYHDEIQDVVLRIHKSRAEDALRWRFHATQQVTPEADGSVLVTFRAGGMRELSWHLFTWGDAVEIVAPQVLKDMMVQELREAGRAHGAW

来源 Source

来源生物 organism	Caulobacter vibrioides NA1000
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	565050
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2103.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,Y

TGTCTAT

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.240 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	13962

fit	/app/data/saxs_computation/pf/9pfq/9pfq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/9pfq/9pfq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/9pfq/9pfq.dat

The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor RpoD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

WYL domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)