9pga

The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt Q9A8S9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q9AAU2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9AAU1) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P58066) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (P52324) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 (Q9A999) ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_CAUVC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–338; UniProt 1–338 作者链 B; PDB构建体 1–338; UniProt 1–338

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt Q9AAU2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q9A8S9) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9AAU1) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P58066) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (P52324) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 (Q9A999) ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_CAUVC
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1356; UniProt 1–1356

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt Q9AAU1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q9A8S9) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q9AAU2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P58066) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (P52324) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 (Q9A999) ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOC_CAUVC
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1396; UniProt 1–1396

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt P58066

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q9A8S9) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q9AAU2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9AAU1) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (P52324) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 (Q9A999) ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOZ_CAUVC
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–119; UniProt 1–119

RNA polymerase sigma factor RpoD

Caulobacter vibrioides NA1000

UniProt P52324

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q9A8S9) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q9AAU2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9AAU1) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P58066) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 WYL domain-containing protein × 2 (Q9A999) ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOD_CAUVC
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–652; UniProt 1–652

WYL domain-containing protein

Caulobacter vibrioides NA1000

UniProt Q9A999

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 8 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (Q9A8S9) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (Q9AAU2) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (Q9AAU1) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (P58066) RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 (P52324) DNA (64-MER)-non template × 1 DNA (51-MER)-template × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*TP*C)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9A999_CAUVC
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–331; UniProt 1–331 作者链 R; PDB构建体 1–331; UniProt 1–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pga
沉积日期 deposition_date2025-07-07
结构标题 titleThe cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex
关键词 keywords;didA promoter transcription activation complex, DriD, Caulobacter, TRANSCRIPTION, Non-canonical DNA Repair, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9pga__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9pga__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9pga__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)58.02 Å
Rg(电子密度)57.25 Å
总 Rg57.28 Å
原子数35717
残基数4546
排除体积626630 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9pga__assembly_1__model_1 12-meric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

▶

7. 引用文献 (4)