9phg

Ketoreductase Engineering for a Chemoenzymatic Fluorination and Dynamic Kinetic Reduction Cascade

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9phg
沉积日期 deposition_date	2025-07-09
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Ketoreductase Engineering for a Chemoenzymatic Fluorination and Dynamic Kinetic Reduction Cascade
关键词 keywords	Rossmann fold, ketoreductase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.39 Å
零角强度 I(0) i0	88367500.00
分子量 molecular_weight	75664.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95324 Å³
包络体积 envelope_volume	111420 Å³
水化壳体积 shell_volume	33251 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.03 Å
包络 Rg envelope_rg	28.43 Å
形状 Rg shape_rg	28.42 Å
总 Rg total_rg	28.91 Å
总原子数 total_atoms	10598
残基数 n_residues	678
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	88370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6672
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.419
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.421
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.882; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	ketoreductase
分子量 formula_weight	38788.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11033

MKKIDNAVLPAGSLVLVTGANGFVGSHVVEQLLEHGYKVRGTARSASKLANLQKRWDAKYPGRFETAVVEDMLKDGAYDEVIKGAAGVAHIASPVSFSPKYDEVVPPAIGGTLNALRAAAATPSVKRFVLTSSMMAAIVPKPNVPGIYLDEKSWNLESIDKAVTLPESHKEKGLWVYAASKTMAEMLAWHFMDENKPHFTLNTVLPAYTIGTIFDPETQSGSTSGIVMKLFNGEVSPMLALFGPQHYVSAFDIGLLHLGCLVLPQIERRRVYGTAAPFDWNMVLAVFRKLWPSKTFPADFPDQGQDLSVFDTRPSLEILKSLGREGWRSFEDSIKDLVGSEFDGQTGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sporobolomyces salmonicolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5005
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	378

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.599 Å
晶胞边长 b length_b	52.463 Å
晶胞边长 c length_c	83.861 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	75.95 °
晶胞夹角 β angle_beta	84.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.05 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.479 Å
最低分辨率 resolution_low	14.880 Å
R 因子 r_factor	0.1752
R_work r_work	0.1742
R_free r_free	0.1946

fit	/app/data/saxs_computation/ph/9phg/9phg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/9phg/9phg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/9phg/9phg.dat

Ketoreductase Engineering for a Chemoenzymatic Fluorination and Dynamic Kinetic Reduction Cascade

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction