9phl

[A4J-A] Asymmetric tensegrity triangle containing a semi-junction formed via in crystallo hybridization

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9phl
沉积日期 deposition_date	2025-07-09
最后修订 last_revision	2025-12-03
结构标题 title	[A4J-A] Asymmetric tensegrity triangle containing a semi-junction formed via in crystallo hybridization
关键词 keywords	tensegrity triangle, single stranded, attachment, hybridization, DNA; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.17 Å
零角强度 I(0) i0	66919700.00
分子量 molecular_weight	38611.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37335 Å³
包络体积 envelope_volume	63557 Å³
水化壳体积 shell_volume	21530 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.34 Å
包络 Rg envelope_rg	25.75 Å
形状 Rg shape_rg	26.13 Å
总 Rg total_rg	26.64 Å
总原子数 total_atoms	2562
残基数 n_residues	126
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.4 Å
Rg (实空间) rg_real	26.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9154
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.647
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1443000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.981

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPGPCPGPAPCPCPTPGPTPAPCPGPGPAPCPAPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6457.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2562

GAGCGACCTGTACGGACATCA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPTPAPGPTPGPGPTPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4293.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGTCTTGTGGTCGC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPTPGPAPTPGPTPGPGPTPAPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4671.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TCTGATGTGGTAGGT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPCPCPTPAPCPCPTPGPGPCPAPGPGPAPCPGPAPCP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6417.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AACCTACCTGGCAGGACGACT

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPAPGPTPCPGPTPGPGPTPAPTPC)-3') ;
分子量 formula_weight	3998.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TAGTCGTGGCTCG

Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPAPGPAPTPAPCPCPTPGPAPTPCPGPGPAPCPTPAPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6466.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CACGAGCCTGATCGGACAAGA

Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPCPCPGPAPTPCPAPCPCPTPGPCPCPAPCPCPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5101.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

ACACCGATCACCTGCCA

Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPCPCPGPAPTPCPAPCPCPTPGPCPCPAPCPCPGP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	1166.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCGT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.736 Å
晶胞边长 b length_b	68.516 Å
晶胞边长 c length_c	69.701 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	95.78 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	104.32 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	6.250 Å
最低分辨率 resolution_low	51.420 Å
R 因子 r_factor	0.2374
R_work r_work	0.2359
R_free r_free	0.2606

fit	/app/data/saxs_computation/ph/9phl/9phl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/9phl/9phl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/9phl/9phl.dat

[A4J-A] Asymmetric tensegrity triangle containing a semi-junction formed via in crystallo hybridization

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)