9pht

;Crystal structure of the A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor cyclic peptide CP141085 (CP1) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pht
沉积日期 deposition_date	2025-07-09
结构标题 title	;Crystal structure of the A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor cyclic peptide CP141085 (CP1) ;
关键词 keywords	influenza virus, hemagglutinin, glycoprotein, N-glycosylation, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.14 Å
零角强度 I(0) i0	57896500.00
分子量 molecular_weight	59179.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73390 Å³
包络体积 envelope_volume	98419 Å³
水化壳体积 shell_volume	25601 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.41 Å
包络 Rg envelope_rg	38.04 Å
形状 Rg shape_rg	38.18 Å
总 Rg total_rg	37.91 Å
总原子数 total_atoms	4162
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.6 Å
Rg (实空间) rg_real	38.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6663
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4471000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.270; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.149; Smooth: 0.715

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	37948.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4232

ADPGDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKKHNGKLCDLDGVKPLILRDCSVAGWLLGNPMCDEFINVPEWSYIVEKANPVNDLCYPGDFNDYEELKHLLSRINHFEKIQIIPKSSWSSHEASLGVSSACPYQGKSSFFRNVVWLIKKNSTYPTIKRSYNNTNQEDLLVLWGIHHPNDAAEQTKLYQNPTTYISVGTSTLNQRLVPRIATRSKVNGQSGRMEFFWTILKPNDAINFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSELEYGNCNTKCQTPMGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNRLVLATGLRNSPQRERRRKKR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284218
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	20200.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYSEEARLKREEISS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Viet Nam/1203/2004(H5N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284218
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	cyclic peptide CP141085
分子量 formula_weight	1921.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

PPVSLYEDPLGVAGGMGVY

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.388 Å
晶胞边长 b length_b	116.388 Å
晶胞边长 c length_c	141.506 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	47.480 Å
R 因子 r_factor	0.2627
R_work r_work	0.2612
R_free r_free	0.2908

fit	/app/data/saxs_computation/ph/9pht/9pht.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/9pht/9pht.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/9pht/9pht.dat

;Crystal structure of the A/Vietnam/1203/2004 (H5N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor cyclic peptide CP141085 (CP1) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)