9pib

;Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor CLIPS peptide CP121132 (CP-S1) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 230.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pib
沉积日期 deposition_date	2025-07-10
结构标题 title	;Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor CLIPS peptide CP121132 (CP-S1) ;
关键词 keywords	influenza virus, hemagglutinin, glycoprotein, N-glycosylation, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	81.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	84.36 Å
零角强度 I(0) i0	807191000.00
分子量 molecular_weight	233820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	290660 Å³
包络体积 envelope_volume	469290 Å³
水化壳体积 shell_volume	58797 Å³
包络直径 envelope_diameter	307.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.47 Å
包络 Rg envelope_rg	84.59 Å
形状 Rg shape_rg	84.40 Å
总 Rg total_rg	83.54 Å
总原子数 total_atoms	16446
残基数 n_residues	1988
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.9 Å
Rg (实空间) rg_real	77.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	793200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7770
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.732
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0434
最高正则化参数 α highest_alpha	20530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 0.948; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.575; Smooth: 0.289

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	36650.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	17374

DTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDPLLPVRSWSYIVETPNSENGICYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKESSWPNHNTNGVTAACSHEGKSSFYRNLLWLTEKEGSYPKLKNSYVNKKGKEVLVLWGIHHPPNSKEQQNLYQNENAYVSVVTSNYNRRFTPEIAERPKVRDQAGRMNYYWTLLKPGDTIIFEANGNLIAPMYAFALSRGFGSGIITSNASMHECNTKCQTPLGAINSSLPYQNIHPVTIGECPKYVRSAKLRMVTGLRNIPSIQSR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20138.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITNKVNTVIEKMNIQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREKVDGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/1934(H1N1))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	211044
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	CLIPS peptide CP121132
分子量 formula_weight	1447.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,O,P,Q

XRCLCYFEWLSCX

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 9 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	1,3,5-trimethylbenzene
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	928

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.623 Å
晶胞边长 b length_b	93.623 Å
晶胞边长 c length_c	279.479 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	46.810 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1889
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/pi/9pib/9pib.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pi/9pib/9pib.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pi/9pib/9pib.dat

;Crystal structure of the A/Puerto Rico/8/1934 (H1N1) influenza virus hemagglutinin in complex with fusion inhibitor CLIPS peptide CP121132 (CP-S1) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)