9piv

HIV-1 bnAb 9-71 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 156.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9piv
沉积日期 deposition_date	2025-07-11
结构标题 title	HIV-1 bnAb 9-71 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
关键词 keywords	HIV-1, SOSIP, human, broadly neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.49 Å
零角强度 I(0) i0	1948750000.00
分子量 molecular_weight	360760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	448160 Å³
包络体积 envelope_volume	633610 Å³
水化壳体积 shell_volume	102960 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.8 Å
壳层 Rg shell_rg	56.06 Å
包络 Rg envelope_rg	48.57 Å
形状 Rg shape_rg	49.48 Å
总 Rg total_rg	49.74 Å
总原子数 total_atoms	25338
残基数 n_residues	2991
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1950000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8299
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.607
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	171100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	RM19R light chain Fv
分子量 formula_weight	11808.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,K
原子数 atom_count	25338

AIRMTQSPAILSLSPGERATLSCRASQSVDSRLAWYQQKPGQSPRLLIYDVSSRATGIPDRFSGSGSGTEFTLTISSLEPEDVAVYFCHQENDWPWTFGQGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	RM19R heavy chain Fv
分子量 formula_weight	13268.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,O,P

EVQLVESGPGLVRPSETLSLTCAVSGDSISTNNGWSWIRQTPGKGLEWIGYINGRSGSTRYNPSLQSRVTISTDTSGNQFSLKVNSVTAADTAKYYCAFFWSTYYKRFDVWGPGVRVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	9-71 heavy chain Fv
分子量 formula_weight	14060.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,M,N

QLAQSGGGVKKPGASVKISCVTPESTFTKYWLHWVRQAPGQGFEWLGVVSPHGGRPMFANKFRDRLTLTRDIHTTTHYMELRGLTSDDTAIYYCARDSFGETFRHSGDQPYQMDVWGGGTNIVVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	9-71 light chain Fv
分子量 formula_weight	11826.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,Q,R

EPVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQGFSVDHLAWFQKRPGRPPRLLIFETSRRANGSPDRFSGSASGAEYTLTISNVEPEDFAVYYCQSYGSITPLIFGGGTRVDVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp160
分子量 formula_weight	57141.0 kDa
突变 mutation	T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,F

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGAENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVIIRSENITNNAKNILVQLNTPVQINCTRPNNNTVKSIRIGPGQAFYYTGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFAQSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41 - BG505 MD39
分子量 formula_weight	18250.5 kDa
突变 mutation	F519S, I559P, A561P, L568D, V570H, R585H, T605C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D

AVGIGAVSLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEPQQHLLKDTHWGIKQLQARVLAVEHYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	230472

fit	/app/data/saxs_computation/pi/9piv/9piv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pi/9piv/9piv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pi/9piv/9piv.dat

HIV-1 bnAb 9-71 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 branched

Entity 10 branched

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)