SAXSdb — 9pku

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YEATS domain-containing protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 201–332 链 C； UniProt 201–332	未记录	LS-131 peptide × 2 GOL GLYCEROL × 8 BZ2 1-benzofuran-2-carboxylic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；291 K；2.0 M Sodium chloride, 0.1 M bis-tris propane pH 7.8	分辨率 2.88 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PKU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IQL Crystal structure of YEATS2 YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2016-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 201–332（132 aa）片段：YEATS domain (UNP RESIDUES 201-332)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；291 K；0.1M Bis-Tris propane, 4.0 M NH4Ac, pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
5XNV Crystal structure of YEATS2 YEATS bound to H3K27ac peptide 提交 2017-05-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 201–332（132 aa）片段：UNP RESIDUES 201-332	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10；291 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1M CAPS, pH 10	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
6LSD Crystal Structure of YEATS domain of human YEATS2 in complex with H3K27bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 201–332（132 aa）片段：YEATS domain of YEATS2	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 9.0, 2.0M ammonium sulfate	分辨率 2.05 Å R-free 0.234
6LSD Crystal Structure of YEATS domain of human YEATS2 in complex with H3K27bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 201–332（132 aa）片段：YEATS domain of YEATS2	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 9.0, 2.0M ammonium sulfate	分辨率 2.05 Å R-free 0.234
7EIE Crystal structure of YEATS2 YEATS domain 提交 2021-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–329（128 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5) containing 2 M NaCl	分辨率 1.67 Å R-free 0.202
7EIE Crystal structure of YEATS2 YEATS domain 提交 2021-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 202–329（128 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Tris-HCl buffer (pH 8.5) containing 2 M NaCl	分辨率 1.67 Å R-free 0.202

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YETS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–135； UniProt 201–332 作者链 C； PDB构建体 4–135； UniProt 201–332

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pku
沉积日期 deposition_date	2025-07-14
最后修订 last_revision	2026-01-07
结构标题 title	Crystal Structure of YEATS domain of human YEATS2 in complex with LS-131 peptide
关键词 keywords	ATAC complex, YEATS2, chemical probe, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.94 Å
零角强度 I(0) i0	36846900.00
分子量 molecular_weight	31188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30058 Å³
包络体积 envelope_volume	52732 Å³
水化壳体积 shell_volume	19953 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.70 Å
包络 Rg envelope_rg	23.50 Å
形状 Rg shape_rg	22.93 Å
总 Rg total_rg	23.53 Å
总原子数 total_atoms	2370
残基数 n_residues	270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7147
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.460
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.161
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.578; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.552; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	YEATS domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	16087.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2435

SHMTSRLFVKKTIVVGNVSKYIPPDKREENDQSTHKWMVYVRGSRREPSINHFVKKVWFFLHPSYKPNDLVEVREPPFHLTRRGWGEFPVRVQVHFKDSQNKRIDIIHNLKLDRTYTGLQTLGAETVVDVELHRH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	LS-131 peptide
分子量 formula_weight	477.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KSAPX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-benzofuran-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	162.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	174.399 Å
晶胞边长 b length_b	51.559 Å
晶胞边长 c length_c	54.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.880 Å
最低分辨率 resolution_low	49.430 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2085
R_free r_free	0.2513

fit	/app/data/saxs_computation/pk/9pku/9pku.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pk/9pku/9pku.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pk/9pku/9pku.dat

Crystal Structure of YEATS domain of human YEATS2 in complex with LS-131 peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YEATS domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)