SAXSdb — 9pzi

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat-labile enterotoxin B chain

Clostridium perfringens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	COP-2 Light chain × 1 COP-2 Heavy chain × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	COP-2 Light chain × 1 COP-2 Heavy chain × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	COP-2 Light chain × 1 COP-2 Heavy chain × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELTB_CLOPF
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 2–129； UniProt 192–319 作者链 H； PDB构建体 2–129； UniProt 192–319 作者链 I； PDB构建体 2–129； UniProt 192–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pzi
沉积日期 deposition_date	2025-08-11
结构标题 title	Crystal Structure of synthetic antibody COP-2 in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens enterotoxin
关键词 keywords	ENTEROTOXIN, SYNTHETIC ANTIBODY, TOXIN, IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex; IMMUNE SYSTEM/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9pzi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9pzi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9pzi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.54 Å
Rg（电子密度）	29.31 Å
总 Rg	29.88 Å
原子数	8454
残基数	559
排除体积	75970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9pzi__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9pzi__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9pzi__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COP-2 Light chain
分子量 formula_weight	26053.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E
原子数 atom_count	25529

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYASDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYEWAPVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COP-2 Heavy chain
分子量 formula_weight	27799.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F

MKKNIAFLLASMFVFSIATNAYAEISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYSGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARYWSWYNSSHYIYSALDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Heat-labile enterotoxin B chain
分子量 formula_weight	15114.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I,H

MSTDIEKEILDLAAATERLNLTDALNSNPAGNLYDWRSSNSYPWTQKLNLHLTITATGQKYRILASKIVDFNIYSNNFNNLVKLEQSLGDGVKDHYVDISLDAGQYVLVMKANSSYSGNYPYSILFQKFGLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	323

▶

晶胞边长 a length_a	111.475 Å
晶胞边长 b length_b	198.520 Å
晶胞边长 c length_c	115.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.740 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2248

Crystal Structure of synthetic antibody COP-2 in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens enterotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9pzi__assembly_1__model_1

9pzi__assembly_1__model_1 | I(q)

9pzi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of synthetic antibody COP-2 in complex with the C-terminal domain of Clostridium perfringens enterotoxin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9pzi__assembly_1__model_1

9pzi__assembly_1__model_1 | I(q)

9pzi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)