9q09

Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab76 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 170.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BG505 SOSIP.664 gp120

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 18 其他聚合物 44 PDB 声明：octadecameric（18）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 30–508 链 B； UniProt 509–661 链 C； UniProt 509–661 链 G； UniProt 30–508 链 I； UniProt 30–508 链 J； UniProt 509–661	未记录	Ab76 Fab heavy chain × 3 Ab76 Fab light chain × 3 PGT121 Fab heavy chain × 3 PGT121 Fab light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 17	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；1X PBS buffer cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9Q09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4TVP Crystal Structure of the HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env Trimer Ectodomain, Comprising Atomic-Level Definition of Pre-Fusion gp120 and gp41, in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 G 30–505（476 aa）片段：UNP residues 30-505	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 SO4 SULFATE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；16% isopropanol, 5.32% PEG1500, 0.2M LiSO4, 0.1M Sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.248
5U7M Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-378806 in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 3.8 Angstrom 提交 2016-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 G 30–510（481 aa）片段：UNP residues 30-505	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 83G 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；6% ISOPROPANOL, 5.32% PEG1500, 0.2M LISO4, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5	分辨率 3.02 Å R-free 0.289
5U7O Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-626529 in Complex with Human Antibodies PGT122 and 35O22 at 3.8 Angstrom 提交 2016-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 G 30–510（481 aa）片段：UNP residues 30-510	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 83J 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-[4-methoxy-7-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]ethane-1,2-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；16% ISOPROPANOL, 5.32% PEG1500, 0.2M LISO4, 0.1M SODIUM ACETATE PH 5.5	分辨率 3.03 Å R-free 0.325
6CDE Cryo-EM structure at 3.8 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP20.01 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 2 30–502（473 aa）链 C 30–502（473 aa）链 c 30–502（473 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6CDI Cryo-EM structure at 3.6 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP16.02 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 提交 2018-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 2 30–502（473 aa）链 C 30–502（473 aa）链 d 30–502（473 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6CE0 Crystal structure of a HIV-1 clade B tier-3 isolate H078.14 UFO-BG Env trimer in complex with broadly neutralizing Fabs PGT124 and 35O22 at 4.6 Angstrom 提交 2018-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 567–661（95 aa）	突变：T602C,T602C,T602C,T602C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277.15 K；0.1 Tris (pH 7.4), 0.2 M lithium sulfate, 6% (w/v) polyethylene glycol 4000	分辨率 4.60 Å R-free 0.341
6CM3 BG505 SOSIP in complex with sCD4, 17b, 8ANC195 提交 2018-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 D 30–508（479 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 30–508（479 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.54 Å
6CRQ Glutaraldehyde-treated BG505 SOSIP.664 Env in complex with PGV04 Fab 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 31–505（475 aa）链 B 31–505（475 aa）链 F 31–505（475 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM Tris, 150 mM NaCl, 0.3 mM DDM. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6DFH BG505 MD64 N332-GT2 SOSIP trimer in complex with germline-reverted BG18 fragment antigen binding 提交 2018-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 509–661（153 aa）链 E 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；5 second blot time	分辨率 3.85 Å
6UDA Cryo-EM structure of CH235UCA bound to Man5-enriched CH505.N279K.G458Y.SOSIP.664 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 508–661（154 aa）链 J 508–661（154 aa）链 Z 508–661（154 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6VY2 Cryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer 提交 2020-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 508–661（154 aa）链 D 508–661（154 aa）链 F 508–661（154 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.86 Å
7KLC Crystal structure of M4H2K1 Fab bound to HIV-1 BG505 gp120 core and to 17b Fab 提交 2020-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 43–126（84 aa）片段：UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489 链 A 194–489（296 aa）片段：UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489,UNP residues 43-126,194-489	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1M Tris, pH 7, 1.825 M ammonium sulfate, 0.29 M lithium sulfate, 15% ethylene glycol	分辨率 4.30 Å R-free 0.334
7L8E BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 B 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 C 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 D 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 E 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 F 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 44	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.	分辨率 4.20 Å
7L8F BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 B 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 C 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 D 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 E 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 F 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 49	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.	分辨率 3.66 Å
7L8G BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.33172 (Wk38 time point) 提交 2020-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 B 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 C 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 D 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 E 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661 链 F 30–661（632 aa）片段：GP120 domain, residues 30-661	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；TBS buffer prepared from a 10X stock cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blotting time varied between 3 and 7 seconds.	分辨率 4.30 Å
7T9T Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with complex glycans 提交 2021-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 508–661（154 aa）链 F 508–661（154 aa）链 J 508–661（154 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 S before plunging	分辨率 3.70 Å
7TCN Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.SOSIP.664 with high-mannose glycans 提交 2021-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 508–661（154 aa）链 F 508–661（154 aa）链 J 508–661（154 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 MAN alpha-D-mannopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING	分辨率 4.10 Å
7TCO Cryo-EM structure of CH235.12 in complex with HIV-1 Env trimer CH505TF.N279K.G458Y.SOSIP.664 with high-mannose glycans 提交 2021-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 508–661（154 aa）链 F 508–661（154 aa）链 N 508–661（154 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 2.5 S BEFORE PLUNGING	分辨率 4.19 Å
7UGN Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1 提交 2022-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 31–503（473 aa）链 B 31–503（473 aa）链 C 31–503（473 aa）链 D 515–661（147 aa）链 E 515–661（147 aa）链 F 515–661（147 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7UGO Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with mature CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 提交 2022-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 31–503（473 aa）链 B 31–503（473 aa）链 C 31–503（473 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 MAN alpha-D-mannopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7UGP Cryo-EM structure of BG24 Fabs with an inferred germline light chain and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 containing the N276 gp120 glycan- Class 1 提交 2022-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 31–503（473 aa）链 B 31–503（473 aa）链 C 31–503（473 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8C8T cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with bNAbs EPTC112 and 3BNC117 提交 2023-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 33–501（469 aa）链 F 33–501（469 aa）链 G 33–501（469 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8FYI Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT1 in complex with one CD4 molecule 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 32–505（474 aa）链 B 32–505（474 aa）链 C 32–505（474 aa）	突变：D368R 突变：D368R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8FYJ Structure of HIV-1 BG505 SOSIP-HT2 in complex with two CD4 molecules (class I) 提交 2023-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 32–505（474 aa）链 B 32–505（474 aa）链 C 32–505（474 aa）	突变：D368R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8TKC CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-b.01 FAB 提交 2023-07-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 30–508（479 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8TL2 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-c.01 FAB 提交 2023-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 30–508（479 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8TL3 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-d.01 FAB 提交 2023-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 30–508（479 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8TL4 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO DJ85-e.01 FAB 提交 2023-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 30–508（479 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8TL5 CRYO-EM STRUCTURE OF HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 ENV TRIMER BOUND TO HERH-c.01 FAB 提交 2023-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 30–508（479 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations 突变：BG505 DS-SOSIP mutations	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TNU Cryo-EM structure of TRNM-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP 提交 2023-08-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 E 30–508（479 aa）链 F 30–508（479 aa）链 G 30–508（479 aa）链 X 509–661（153 aa）链 Y 509–661（153 aa）链 Z 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
8TO7 Cryo-EM structure of HERH-b*01 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505.DS SOSIP 提交 2023-08-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 509–661（153 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 509–661（153 aa）链 D 30–508（479 aa）链 E 30–508（479 aa）链 F 30–508（479 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8TQ1 HIV-1 BG505 Env SOSIP in complex with bovine Fab Bess4 and non-human primate Fab RM20A3 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric	链 B 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）链 K 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TTW Cryo-EM structure of BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with temsavir, 8ANC195, and 10-1074 提交 2023-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）链 J 509–661（153 aa）	突变：I559P T605C 突变：I559P T605C 突变：I559P T605C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 83J 1-[4-(benzenecarbonyl)piperazin-1-yl]-2-[4-methoxy-7-(3-methyl-1H-1,2,4-triazol-1-yl)-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-3-yl]ethane-1,2-dione × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
8ULR Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 05_B08 Fabs 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 509–661（153 aa）链 D 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force	分辨率 3.30 Å
8ULS Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 01_D03 Fabs 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 509–661（153 aa）链 D 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force	分辨率 3.20 Å
8ULT Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 Fabs 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 509–661（153 aa）链 D 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force	分辨率 3.80 Å
8ULU Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 in complex with bNAb 04_A06 and PGDM1400 Fabs 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 B 509–661（153 aa）链 D 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force	分辨率 3.80 Å
9D7O Cryo-EM structure of BG505 DS-SOSIP.664 with 1 CH103 Fab bound 提交 2024-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 9–501（493 aa）链 B 502–661（160 aa）链 C 9–501（493 aa）链 D 502–661（160 aa）链 E 9–501（493 aa）链 F 502–661（160 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2	分辨率 3.56 Å
9D8V Cryo-EM structure of the BG505 SOSIPv2 提交 2024-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 32–501（470 aa）片段：UNP residues 32-501 链 B 516–661（146 aa）片段：UNP residues 516-661 链 C 32–501（470 aa）片段：UNP residues 32-501 链 D 516–661（146 aa）片段：UNP residues 516-661 链 E 32–501（470 aa）片段：UNP residues 32-501 链 F 516–661（146 aa）片段：UNP residues 516-661	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 0 blot force	分辨率 2.90 Å
9D8Y Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with one gp120 rotated, Population 4 提交 2024-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 32–500（469 aa）链 B 32–500（469 aa）链 C 32–500（469 aa）	突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
9D90 Cryo-EM structure of partially open HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-17b Fab and 3-VRC34.01 Fab, Population 1 提交 2024-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 32–500（469 aa）链 B 32–500（469 aa）链 C 32–500（469 aa）链 D 509–657（149 aa）链 E 509–657（149 aa）链 F 509–657（149 aa）	突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.91 Å
9D98 Cryo-EM structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env bound to 3-sCD4, 3-VRC34.01 Fab with two gp120 protomers rotated, Population 5 提交 2024-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 32–500（469 aa）链 B 32–500（469 aa）链 C 32–500（469 aa）链 D 509–661（153 aa）链 E 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：T332N, A501C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C 突变：I559P, T605C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
9DMB Rhesus RHA10.01 Fab in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP trimer 提交 2024-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 E 509–661（153 aa）链 I 509–661（153 aa）链 J 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
9EHL Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class I 提交 2024-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 B 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 C 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 D 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 E 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 F 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661	突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9EHM Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II 提交 2024-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 B 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 C 32–505（474 aa）片段：UNP residues 32-505 链 D 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 E 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661 链 F 509–661（153 aa）片段：UNP residues 509-661	突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C 突变：T326N,A494C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9P6E N49P7-FR Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 30–510（481 aa）链 C 30–510（481 aa）链 E 30–510（481 aa）	突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9P6G eN49P7-FRv1-23 Fab in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM20A3 Fab 提交 2025-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 30–510（481 aa）链 C 30–510（481 aa）链 E 30–510（481 aa）	突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R 突变：T105E, M270I, F287L, R303V, A316Y, T330N, N361Q, A498C, E506R, K507R, A509R, V510R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9PIT HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 B 30–510（481 aa）链 E 30–510（481 aa）链 F 30–510（481 aa）	突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9PIV HIV-1 bnAb 9-71 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R 提交 2025-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 B 30–510（481 aa）链 E 30–510（481 aa）链 F 30–510（481 aa）	突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R 突变：T106E, M271I, F288L, R304V, A319Y, T332N, N363Q, A501C, E509R, K510R, A512R, V513R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9Q0W Cryo-EM Structure of HIV-1 BG505DS-SOSIP.664 Env Trimer Bound to DFPH-a.01_10R59P_LC Fab 提交 2025-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 B 509–661（153 aa）链 D 509–661（153 aa）链 F 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9Q3S Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab4 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664 提交 2025-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 509–661（153 aa）链 G 30–508（479 aa）链 I 30–508（479 aa）链 J 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9Q3X The CryoEM structure of Rhesus macaque 1G3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664 提交 2025-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 509–661（153 aa）链 G 30–508（479 aa）链 I 30–508（479 aa）链 J 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；phosphate buffered saline cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
9Y9V THE CRYOEM STRUCTURE OF RHESUS MACAQUE 1A8 AND PGT121 FABS IN COMPLEX WITH BG505 SOSIP.664. 提交 2025-09-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 30–508（479 aa）链 B 509–661（153 aa）链 C 509–661（153 aa）链 G 30–508（479 aa）链 I 30–508（479 aa）链 J 509–661（153 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å

共 53 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S5_HV1
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508 作者链 G； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508 作者链 I； PDB构建体 1–479； UniProt 30–508 作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661 作者链 J； PDB构建体 1–153； UniProt 509–661

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q09
沉积日期 deposition_date	2025-08-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab76 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664
关键词 keywords	HIV-1 Env, Broadly-neutralizing antibodies (bNAbs), glycan hole, CD4-binding site (CD4bs), VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.91 Å
零角强度 I(0) i0	2185130000.00
分子量 molecular_weight	383500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	476600 Å³
包络体积 envelope_volume	716090 Å³
水化壳体积 shell_volume	109170 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.7 Å
壳层 Rg shell_rg	58.40 Å
包络 Rg envelope_rg	52.46 Å
形状 Rg shape_rg	53.94 Å
总 Rg total_rg	53.94 Å
总原子数 total_atoms	26904
残基数 n_residues	3182
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	170.1 Å
Rg (实空间) rg_real	55.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2187000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7227
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	70.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.145
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.6030
最高正则化参数 α highest_alpha	101600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 0.923; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.842

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BG505 SOSIP.664 gp120
分子量 formula_weight	54064.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,I
原子数 atom_count	26930

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BG505 SOSIP.664 gp41
分子量 formula_weight	17146.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,J

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ab76 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24511.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,K

DVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCVASGFSFSSYEMHWVRQAPGKGLEWVSYFSDTGGITYYADSVKGRFTISRDNAENSLFLQMNNLRVEDTAVYYCARGGYTGSWIDLFDLWGQGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVEIKTCGGGSK

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ab76 Fab light chain
分子量 formula_weight	23473.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L,M

KAILTQPASLSASPGASASLTCTFSGGIHVAGYHIFWYQQKPGSPPRYLLRYKSDSDKAQGSGVPSRFSGSKDASANTGILRISGLQSEDEADYYCAIGHSDGHGLFGGGTRLTVLGQPKASPLVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGVVKVAWKADGNSVNTGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTSDQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PGT121 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25169.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h,d,k

QMQLQESGPGLVKPSETLSLTCSVSGASISDSYWSWIRRSPGKGLEWIGYVHKSGDTNYSPSLKSRVNLSLDTSKNQVSLSLVAATAADSGKYYCARTLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDVWGNGTQVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PGT121 Fab light chain
分子量 formula_weight	22869.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l,e,m

QVQIDISVAPGETARISCGEKSLGSRAVQWYQHRAGQAPSLIIYNNQDRPSGIPERFSGSPDSPFGTTATLTITSVEAGDEADYYCHIWDSRVPTKWVFGGGTTLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1559.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 11 Entity 11 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 12 Entity 12 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	17

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	332541

fit	/app/data/saxs_computation/q0/9q09/9q09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q0/9q09/9q09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q0/9q09/9q09.dat

Cryo-EM structure of PGT121 Fab and Rhesus macaque Ab76 Fab in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BG505 SOSIP.664 gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

实体 11 Entity 11 branched

实体 12 Entity 12 branched

实体 13 Entity 13 branched

实体 14 Entity 14 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)