SAXSdb — 9q0o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amidophosphoribosyltransferase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ADP-sugar pyrophosphatase × 4 （Q9UKK9） IRON/SULFUR CLUSTER × 4 6-(benzylsulfanyl)-9-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-9H-purine × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–506； UniProt 12–517 作者链 B； PDB构建体 1–506； UniProt 12–517 作者链 C； PDB构建体 1–506； UniProt 12–517 作者链 D； PDB构建体 1–506； UniProt 12–517

ADP-sugar pyrophosphatase

Homo sapiens

UniProt Q9UKK9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Amidophosphoribosyltransferase × 4 （Q06203） IRON/SULFUR CLUSTER × 4 6-(benzylsulfanyl)-9-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-9H-purine × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUDT5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 6–223； UniProt 2–219 作者链 F； PDB构建体 6–223； UniProt 2–219 作者链 G； PDB构建体 6–223； UniProt 2–219 作者链 H； PDB构建体 6–223； UniProt 2–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9q0o
沉积日期 deposition_date	2025-08-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of PPAT-NUDT5 complex bound to 6-benzylthioinosine-5'-monophosphate (6-benzylTIMP)
关键词 keywords	Purine synthesis, phosphoribosyltransferase, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9q0o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9q0o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9q0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.43 Å
Rg（电子密度）	44.68 Å
总 Rg	44.99 Å
原子数	21796
残基数	2780
排除体积	389550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9q0o__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Amidophosphoribosyltransferase
分子量 formula_weight	60690.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	21796

CGVFGCIASGEWPTQLDVPHVITLGLVGLQHRGQESAGIVTSDGSSVPTFKSHKGMGLVNHVFTEDNLKKLYVSNLGIGHTRYATTGKCELENCQPFVVETLHGKIAVAHNGELVNAARLRKKLLRHGIGLSTSSDSEMITQLLAYTPPQEQDDTPDWVARIKNLMKEAPTAYSLLIMHRDVIYAVRDPYGNRPLCIGRLIPVSDINDKEKKTSETEGWVVSSESCSFLSIGARYYREVLPGEIVEISRHNVQTLDIISRSEGNPVAFCIFEYVYFARPDSMFEDQMVYTVRYRCGQQLAIEAPVDADLVSTVPESATPAALAYAGKCGLPYVEVLCKNRYVGRTFIQPNMRLRQLGVAKKFGVLSDNFKGKRIVLVDDSIVRGNTISPIIKLLKESGAKEVHIRVASPPIKYPCFMGINIPTKEELIANKPEFDHLAEYLGANSVVYLSVEGLVSSVQEGIKFKKQKEKKHDIMIQENGNGLECFEKSGHCTACLTGKYPVELEWGGSKPIPNPLLGLDSTSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ADP-sugar pyrophosphatase
分子量 formula_weight	24523.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.13,3.6.1.58,2.7.7.96
突变 mutation	Y74F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GGGSGESQEPTESSQNGKQYIISEELISEGKWVKLEKTTYMDPTGKTRTWESVKRTTRKEQTADGVAVIPVLQRTLHFECIVLVKQFRPPMGGYCIEFPAGLIDDGETPEAAALRELEEETGYKGDIAECSPAVCMDPGLSNCTIHIVTVTINGDDAENARPKPKPGDGEFVEVISLPKNDLLQRLDALVAEEHLTVDARVYSYALALKHANAKPFEVPFLKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	6-(benzylsulfanyl)-9-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-9H-purine
分子量 formula_weight	454.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	502672

Cryo-EM structure of PPAT-NUDT5 complex bound to 6-benzylthioinosine-5'-monophosphate (6-benzylTIMP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amidophosphoribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-sugar pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q0o__assembly_1__model_1

9q0o__assembly_1__model_1 | I(q)

9q0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of PPAT-NUDT5 complex bound to 6-benzylthioinosine-5'-monophosphate (6-benzylTIMP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Amidophosphoribosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-sugar pyrophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9q0o__assembly_1__model_1

9q0o__assembly_1__model_1 | I(q)

9q0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)