9qdi

Crystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis in complex with a peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein

Bacteroides fragilis NCTC 9343

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO × 1 POTASSIUM ION × 2 ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 N-PROPANOL × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO × 1 POTASSIUM ION × 2 ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 3 N-PROPANOL × 1 1,4-BUTANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO × 1 POTASSIUM ION × 2 ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO × 1 POTASSIUM ION × 2 ZINC ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 N-PROPANOL × 2 HEXANE-1,6-DIOL × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5L9L3_BACFN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 B； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 C； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 D； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 E； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 F； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 G； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426 作者链 H； PDB构建体 2–409； UniProt 19–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qdi
沉积日期 deposition_date	2025-03-06
结构标题 title	Crystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis in complex with a peptide
关键词 keywords	;IgA protease, peptidase, protease, BF3526, M64, metallopeptidase, metalloprotease, antibody, Ig, IgA, Bacteroides, metzincin, nephropathy, IgAN, hinge, complex, substrate, product, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qdi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qdi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qdi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.74 Å
Rg（电子密度）	29.11 Å
总 Rg	29.85 Å
原子数	9674
残基数	811
排除体积	115560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qdi__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9qdi__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9qdi__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9qdi__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipoprotein
分子量 formula_weight	46148.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	43108

GAQNFSDYFTNKTLRIDYLFTGNADKQSICLDELSELPVWAGRRHHLSELPLEGNGQIVMRDVASGKVIYTTSFSSLFQEWLETDEAKEVTKGFENTYLLPYPIKPAEVEITLRNNKREVSANLKHVVKPDDILIHKKGLTHITPHKYLLKSGNEEQCIDVAILAEGYTTSEMETFYKDAAIACEALFSHEPFQSMKNRFNIVAVASPSADSGVSAPKQGAWKHTAFGSHFDTFYSDRYLTTSRVKAINDALAGIPYEHIIILANTEQYGGGGIYNAFTLTTAHHPNFRPVVVHEFGHSFGGLADEYFYDEDVMNGLYPLNIEPWEQNITTRINFASKWEDMLTKTTPVPTPVADKAKYPIGVYEGGGYSAKGIYRPAFDCRMRTNEYPTFCPVCQRAIQRIIEFYTGK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synthetic peptide SER-THR-PRO-PRO
分子量 formula_weight	400.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

STPP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-PROPANOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,4-BUTANEDIOL
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEXANE-1,6-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1372

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晶胞边长 a length_a	99.294 Å
晶胞边长 b length_b	99.435 Å
晶胞边长 c length_c	103.386 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	74.16 °
晶胞夹角 β angle_beta	88.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	82.44 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	29.640 Å
R 因子 r_factor	0.1729
R_work r_work	0.1709
R_free r_free	0.2127

Crystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis in complex with a peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qdi__assembly_1__model_1

9qdi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qdi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of BF3526 peptidase from Bacteroides fragilis in complex with a peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qdi__assembly_1__model_1

9qdi__assembly_1__model_1 | I(q)

9qdi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (1)